经济补偿金超过社平工资三倍的，在计算经济补偿金年限时，确实存在“加一”即上限封顶年限为十二年的特殊规定，但这一规定仅适用于特定情形下的经济补偿金计算。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定背景
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。同时，该条第二款明确规定：“劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。”
二、具体适用情形
月工资标准超过社平工资三倍：
- 当劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍时，经济补偿金的计算将受到上述第二款规定的限制。
经济补偿金年限上限：
- 在此情形下，向劳动者支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这意味着，即使劳动者在用人单位的工作年限超过十二年，其经济补偿金的计算年限也只能以十二年为限。
“加一”的特殊理解：
- 这里的“加一”并非直接指在经济补偿金年限上简单加一年，而是指在经济补偿金年限计算上存在一个上限，即十二年。这个上限是相对于劳动者实际工作年限而言的，当实际工作年限超过十二年时，经济补偿金年限按十二年计算，可以视为一种“封顶”或“加一”（相对于无上限的情况）的特殊规定。但更准确的理解是，这是一个明确的年限上限，而非简单的加法运算。
三、举例说明
假设某劳动者在用人单位工作了十五年，其月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍。那么，在计算经济补偿金时：
- 如果按照一般规定，经济补偿金年限应为十五年。
- 但根据《劳动合同法》第四十七条第二款的规定，由于劳动者月工资超过社平工资三倍，因此经济补偿金年限最高不超过十二年。
- 所以，该劳动者的经济补偿金年限应按十二年计算。
四、注意事项
- 地区差异：不同地区的社平工资标准可能不同，因此经济补偿金的计算也会有所差异。
- 时间节点：经济补偿金的计算通常以劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资为基准。
- 特殊情形：对于因用人单位原因导致劳动合同无效或部分无效、用人单位违反法律规定解除或终止劳动合同等情形，劳动者可能有权获得更高的经济补偿或赔偿。
综上所述，经济补偿金超过社平工资三倍时，确实存在经济补偿金年限上限为十二年的特殊规定。这一规定旨在平衡劳动者与用人单位之间的利益，避免经济补偿金过高给用人单位带来过重的负担。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。