机关的人事代理是否会被清退，不能一概而论，需根据具体情况分析。以下从不同角度进行详细阐述：
一、人事代理的基本性质与法律地位
人事代理是一种人事管理制度，通常指由政府人事部门所属的人才服务中心，按照国家有关人事政策法规要求，接受单位或个人委托，在其服务项目范围内，为多种所有制经济尤其是非公有制经济单位及各类人才提供人事档案管理、职称评定、社会养老保险金收缴、出国政审等全方位服务。人事代理人员与单位之间通常签订的是人事代理合同或聘用合同，而非正式的劳动合同（但部分情况下也可能存在劳动合同关系，这取决于具体合同内容和性质）。
二、清退人事代理的可能情形
合同到期或解除：
- 如果人事代理合同或聘用合同到期，且双方未续签，或者合同中约定的解除条件成就，那么人事代理人员可能会被清退。
- 例如，合同中明确规定了服务期限，期限届满后单位不再续签，或者人事代理人员违反了合同中的某些条款，单位有权解除合同。
单位改革或调整：
- 当机关单位进行机构改革、职能调整或人员编制压缩时，可能会涉及到人事代理人员的清退。
- 这种情况下，清退通常不是针对个人，而是基于单位整体发展的需要。
政策变化：
- 如果国家或地方出台了新的政策，对人事代理制度进行了调整或限制，那么可能会影响到人事代理人员的去留。
- 例如，某些地区可能出台政策限制机关单位使用人事代理人员，或者要求逐步减少人事代理人员的比例。
三、清退人事代理的法律程序与权益保障
法律程序：
- 清退人事代理人员应当遵循合同约定和法律法规的规定。
- 单位在清退前应当与人事代理人员进行充分沟通，说明清退的原因和依据，并按照合同约定支付相应的经济补偿（如果合同中有约定的话）。
权益保障：
- 人事代理人员在被清退时，有权要求单位按照合同约定和法律法规的规定支付经济补偿、未休年假工资等福利待遇。
- 如果单位违反合同约定或法律法规的规定进行清退，人事代理人员可以通过法律途径维护自己的合法权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。
四、建议与注意事项
了解合同内容：
- 人事代理人员应当仔细阅读并了解自己与单位签订的合同内容，特别是关于合同期限、解除条件、经济补偿等方面的条款。
关注政策变化：
- 人事代理人员应当关注国家或地方出台的相关政策，了解政策对人事代理制度的影响，以便及时调整自己的职业规划。
维护合法权益：
- 如果人事代理人员认为自己的合法权益受到侵害，应当及时与单位沟通协商，协商不成的可以通过法律途径维护自己的权益。
如有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。