如果发现被告人在法院有亲戚，这确实是一个可能影响司法公正性的问题，但我国法律有严格的制度来应对这种情况，确保审判的公正性和独立性。以下是从多个角度为你详细分析的应对措施：
一、申请回避
法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，如果审判人员、书记员、翻译人员、鉴定人、勘验人等与本案有利害关系，或是本案当事人、诉讼代理人的近亲属，或与其有其他可能影响案件公正审理的关系时，应当自行回避。当事人也有权以口头或书面方式申请其回避。
操作建议：如果你作为当事人或代理人，发现被告人与法院的某位工作人员存在亲戚关系，且这种关系可能影响案件的公正审理，你应及时向法院提出回避申请，并详细说明理由。被申请回避的人员在法院作出决定前，应暂停参与本案工作。
二、要求公开审判
法律依据：除非涉及国家秘密、个人隐私或法律另有规定，人民法院审理案件应一律公开进行。公开审判是确保审判过程透明性的重要措施，也是接受公众监督的重要方式。
操作建议：你可以向法院提出要求公开审判的申请，以确保审判过程的透明性。如果法院决定不公开审判，你应了解具体原因，并评估这是否可能影响案件的公正审理。
三、寻求上级法院指定管辖
法律依据：在特定情况下，如果当事人认为基层法院因被告人与法院的关系可能无法公正审理，可以向上级法院提出申请，请求指定其他法院管辖。
操作建议：如果你认为基层法院可能因被告人与法院的关系而无法公正审理你的案件，你可以向上级法院提出指定管辖的申请，并提供相关证据支持你的观点。
四、收集并保留证据
重要性：积极收集能证明被告人与法院人员存在不正当关联的证据至关重要。这些证据可能包括书面材料、通讯记录、证人证言等。
合法性要求：证据必须通过合法途径取得，否则将不具有法律效力。在收集证据的过程中，你应确保自己的行为符合法律规定，避免侵犯他人的合法权益。
举报：在收集到足够证据后，你可以向上一级法院、同级人民检察院或监察委员会等监督机关反映情况，并提供详细的情况说明和相关证据线索。这些监督机关将依法对涉嫌违法违纪的法院工作人员进行调查处理。
五、积极应诉与准备答辩
应诉准备：无论被告人与法院是否存在亲戚关系，你都应积极应诉，并针对原告的起诉内容准备详细的答辩状。在答辩状中，你应阐述自己的观点和反驳理由，并提供相关证据支持。
合理利用法律程序：在诉讼过程中，你可以充分利用法律赋予的权利，如申请法院调查收集证据、申请证人出庭作证等。这些措施有助于增强你的诉讼地位，提高胜诉的可能性。
六、尊重法院判决并履行义务
尊重判决：无论诉讼结果如何，你都应尊重法院的判决。法院的判决是基于事实和法律作出的，具有法律效力和权威性。
履行义务：如果法院判决你承担某种义务或责任，你应按照判决来履行相应的义务。这是维护法律权威性和严肃性的重要体现。
总结来说，如果发现被告人在法院有亲戚，你不必过于担心。我国法律有严格的制度来应对这种情况，确保审判的公正性和独立性。你可以通过申请回避、要求公开审判、寻求上级法院指定管辖、收集并保留证据、积极应诉与准备答辩以及尊重法院判决并履行义务等措施来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。