针对员工发票报销造假的问题，单位应当采取一系列综合措施来应对，以确保处理过程既合法合规，又能有效预防未来类似事件的发生。以下是我为您详细梳理的处理策略：

一、明确规章制度与加强培训

1. 完善报销制度：单位应制定或修订一套清晰、明确的报销政策和流程，详细规定报销的范围、标准、审批程序以及违规的后果。这些制度应当通过内部公告、员工手册或培训等方式，确保每位员工都知悉并遵守。

2. 加强员工培训：定期组织报销制度培训，不仅讲解报销流程，还要教授发票真伪识别的技巧，强调诚信报销的重要性，并通过分析违规案例来提升员工的职业道德和法律意识。

二、调查核实与证据收集

1. 启动调查：一旦发现报销异常，单位应立即启动调查程序，可以指定专人负责，或者委托专业的审计机构进行。

2. 收集证据：仔细审查报销凭证的真实性、完整性，包括发票的编号、开票日期、金额等细节。同时，收集与报销相关的合同、采购清单、出差记录等证据材料，以形成完整的证据链。

3. 与员工沟通：在调查过程中，与员工进行客观、公正的面谈，了解其解释和说明，并记录谈话内容，作为后续处理的参考。

三、根据事实作出处理决定

1. 轻微违规：对于初次且情节较轻的作假行为，单位可以给予口头警告，并要求员工退回违规报销的款项。

2. 严重违规：对于多次作假、伪造重要凭证或造成较大损失的行为，单位应发出书面警告，并根据情况采取降职降薪、解除劳动合同等措施。在解除劳动合同时，必须确保程序合法，并按照规定支付经济补偿（如适用）。

四、法律层面考量与行动

1. 民事追偿：如果员工作假行为给单位造成了经济损失，单位有权通过民事诉讼要求赔偿。在此过程中，需要收集充分的证据来证明因果关系及损失金额。

2. 刑事责任追究：对于涉及金额较大、构成犯罪的情况，单位可以向公安机关报案，追究员工的刑事责任。在采取这一行动之前，建议咨询专业律师以确保合法合规。

五、加强内部控制与预防

1. 完善审批流程：优化报销审批流程，增加审核环节和责任人，确保每一笔报销都经过严格把关。

2. 建立预警机制：利用信息技术手段建立报销风险预警系统，对异常报销行为进行实时监控和预警，以便及时发现并纠正问题。

3. 定期审计与检查：定期对报销情况进行内部审计和检查，及时发现并纠正潜在的问题，防范未来风险。

综上所述，处理员工发票报销造假问题需要单位从制度建设、调查核实、处理决定、法律追责到内部控制与预防等多个方面综合施策。通过这些措施的实施，单位可以有效维护自身的合法权益和良好的工作秩序。