在《行政处罚法》中，关于“90日”的期限，除非特别指明为“工作日”，否则应理解为自然日。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与解释
《行政处罚法》第八十五条：该条款明确规定了“二日”“三日”“五日”“七日”的规定是指工作日，不含法定节假日。然而，这一条款并未涵盖所有可能的期限，特别是未提及“90日”等更长期限的计算方式。
法律解释原则：在法律条文中，对于特定时长的表述，若未特别指明是工作日，则一般理解为自然日。这是基于法律条文的文义解释和体系解释原则得出的结论。因此，在《行政处罚法》中，除非有特别规定，否则“90日”应理解为自然日。
二、实际案例与应用
在实际操作中，行政机关在适用《行政处罚法》时，对于未明确指定为工作日的期限，均按照自然日计算。例如，在《市场监督管理行政处罚程序规定》中，明确指出市场监督管理部门办理行政处罚案件的期限自立案之日起计算，应当自立案之日起九十日内作出处理决定。这里的“九十日”被明确解释为包含法定节假日，即按照自然日来计算。
三、自然日与工作日的区别
自然日：包括法定节假日和休息日，即一年中的所有天数。在计算期限时，无论是否为工作日、周末或是法定节假日，均计入此期限内。
工作日：通常指除法定节假日和休息日之外的工作时间。在某些特定法规中，可能会特别指出期限以工作日计，但这种情况在《行政处罚法》中并不普遍。
四、特殊情况说明
虽然一般情况下“90日”应理解为自然日，但也不能排除在某些特定地区或特殊情况下，可能会有额外的说明或要求。因此，在具体案件中，如果涉及“90日”的期限计算，建议仔细阅读相关法律条文和行政机关的具体规定，以确保对期限有准确的理解。
总结与建议：在理解和应用《行政处罚法》及相关行政法规中的“90日”等期限时，应遵循自然日计算的基本原则，并特别注意是否有特别规定为“工作日”。如果在实际操作中遇到疑问或不确定的情况，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供准确的法律意见。