行政处罚程序立案之日起九十天，一般指的是自然日，但存在特殊情况。以下是对这一问题的详细解释：

一、一般情况：自然日计算

在行政处罚程序中，立案之日起九十天通常被理解为自然日。这意味着，从立案的第二天开始计算，连续计算九十天，包括工作日、周末和法定节假日。这是基于行政处罚程序需要高效、及时进行的原则，以确保行政机关能够迅速对违法行为作出处理，维护社会秩序和公共利益。

二、特殊情况：工作日计算

尽管一般情况下是按照自然日计算，但也存在特殊情况。在某些特定的行政处罚程序中，或者根据某些地方性法规、规章的规定，可能会明确规定立案之日起的某个期限是按照工作日计算。这通常是为了考虑到行政机关的工作效率和实际情况，避免因为节假日等因素导致期限过长，影响行政处罚的及时性和有效性。然而，在大多数情况下，如果没有特别规定，应理解为自然日。

三、法律后果与注意事项

1. 法律后果：如果行政机关未能在规定的期限内作出行政处罚决定，可能会面临程序违法的问题。这可能导致行政处罚决定被撤销或确认无效，从而影响行政机关的执法权威和公信力。

2. 注意事项：

   • 及时关注期限：作为当事人或相关利益方，应及时关注行政处罚程序的期限，确保自己的权益得到保障。
   • 了解特殊规定：如果涉及特定领域的行政处罚程序，应了解该领域是否有特别规定关于期限的计算方式。
   • 咨询专业意见：如果对期限的计算方式存在疑问或争议，可以咨询专业律师或相关行政机关以获取准确的信息和意见。

四、实际操作建议

在实际操作中，为了确保行政处罚程序的合法性和有效性，行政机关应严格按照法律规定的期限进行操作。如果确实存在特殊情况需要延长期限，应及时向当事人说明理由并依法办理延期手续。同时，当事人或相关利益方也应积极行使自己的权利，对行政机关的违法行为进行监督和举报。

如有任何关于行政处罚程序或其他法律问题的疑问，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。