存在打完官司没给开发票然后扣除工程款的案例，且司法实践中法院会根据不同情况作出相应判决，以下结合具体情形为你详细分析：

1. 合同有明确约定发票开具与工程款支付关联条款
   • 若双方签订的工程合同中明确约定，承包方需在收到工程款前向发包方开具合法有效的发票，否则发包方有权扣除相应工程款或者拒绝支付。在这种情况下，一旦承包方未按照合同约定开具发票，发包方主张扣除工程款，法院通常会支持发包方的诉求。
   • 例如，在某建设工程施工合同纠纷案中，合同明确约定“承包方应在每期工程进度款支付前，向发包方开具等额的合法有效的增值税专用发票，否则发包方有权暂不支付该期工程款，且不承担任何违约责任”。承包方在某一期工程进度款支付时，未能按时开具发票，发包方据此扣除该期部分工程款。法院经审理认为，双方合同约定合法有效，承包方未履行开具发票的义务，发包方扣除工程款的行为符合合同约定，判决驳回了承包方要求支付被扣除工程款的诉讼请求。
2. 合同未明确约定发票开具与工程款支付关联条款，但发包方能证明因承包方未开发票遭受损失
   • 即使合同没有明确将发票开具与工程款支付直接挂钩，但如果发包方能够提供充分证据证明，由于承包方未开具发票，导致其无法进行正常的税务抵扣，从而遭受了实际的经济损失，如多缴纳了税款等。在这种情况下，发包方要求扣除相应工程款以弥补损失，法院也可能会予以支持。
   • 比如，某工程完工后，承包方一直未向发包方开具发票。发包方在税务申报时，因缺少该部分发票，无法进行进项税额抵扣，多缴纳了数十万元的增值税及附加税费。发包方随后向法院起诉，要求承包方赔偿损失或者从剩余工程款中扣除相应金额。法院经审理认为，承包方未开具发票的行为与发包方多缴纳税款之间存在因果关系，判决承包方赔偿发包方因未开具发票而多缴纳的税款，若承包方无力赔偿，可从剩余工程款中扣除。
3. 合同未约定且发包方无法证明遭受实际损失
   • 若合同中没有关于发票开具与工程款支付关系的约定，同时发包方也无法提供有效证据证明因承包方未开具发票而遭受了实际的经济损失。在这种情况下，发包方主张扣除工程款的请求，法院一般不会支持。
   • 例如，某工程结束后，承包方未开具发票，发包方以承包方未开发票为由，擅自扣除了一部分工程款。承包方将发包方诉至法院，要求支付被扣除的工程款。发包方在庭审中未能提供证据证明因未开发票产生了实际损失。法院经审理认为，发包方扣除工程款缺乏合同依据和事实依据，判决发包方向承包方支付被扣除的工程款。

在实际的工程纠纷中，发票开具问题虽然看似简单，但往往与工程款支付、税务处理等紧密相关。如果你遇到类似打完官司因发票问题涉及工程款扣除的纠纷，或者有其他工程法律方面的问题，都可以直接向我咨询。