结论：客户要求按原价开发票是否合理，需分情况讨论，具体如下：

1. 若合同明确约定了扣款情形及发票开具方式
   根据《民法典》第五百零九条，当事人应按约定全面履行义务。若合同中已明确约定“因质量瑕疵、交货延迟等情形需扣款的，发票金额按实际结算金额开具”，则客户要求按原价开发票不符合合同约定，您有权拒绝。此时，您只需按实际结算金额开具发票，既符合合同约定，也符合《发票管理办法》中“发票金额应与实际交易金额一致”的要求。

2. 若合同未明确约定扣款与发票开具的关系
   此时需结合交易习惯和公平原则判断。根据《民法典》第十条，处理民事纠纷可参照习惯，但不得违背公序良俗。若行业惯例或双方交易习惯中，扣款后均按实际金额开发票（如建筑行业工程款扣减违约金后按净额开票），则客户要求按原价开发票缺乏合理性；若客户能证明扣款部分未实际发生交易（如您未提供对应服务或货物），根据《增值税暂行条例》中“销售额为纳税人销售货物或应税劳务收取的全部价款和价外费用”的规定，您应按实际销售额（即扣款后金额）开票，否则可能涉嫌虚开发票（如多开金额导致国家税款损失）。

3. 若扣款涉及违约金或赔偿款
   需区分扣款性质。若扣款是您因违约向客户支付的赔偿（如延迟交货违约金），根据《增值税暂行条例实施细则》第十二条，赔偿款不属于价外费用，不纳入增值税计税依据，您应按实际收到的货款（扣除赔偿后）开发票；若扣款是客户应向您支付的款项（如客户未足额付款），则您仍需按实际应收金额（即未扣款前原价）开具发票，但可通过“应收账款”科目核算扣款部分，并在后续收款时冲减。

建议行动：

• 立即核查合同条款，明确扣款依据及发票开具约定；
  
• 若合同无约定，与客户协商补充协议，或留存交易习惯证据（如过往同类交易开票记录）；
  
• 严格按实际交易金额开票，避免虚开发票风险（最高可处50万元罚款，构成犯罪的追究刑责）；
  
• 若客户坚持不合理要求，可书面回复说明法律依据，并保留沟通记录以防纠纷。
  

如有进一步细节（如扣款原因、合同条款内容），可向我补充说明，我会为您具体分析。