在合同执行中发生扣款时，发票的处理需根据扣款性质、合同约定及法律规定分情况处理，具体如下：
若扣款属于合同约定的违约金、赔偿金或质量扣款
- 发票处理原则：根据《增值税暂行条例》及实施细则，扣款部分若属于价外费用（如违约金、赔偿金），需由收款方开具增值税发票；若属于合同约定的质量扣款（即因质量问题减少的价款），则按实际结算金额重新开具发票或开具红字发票。
- 操作步骤：
- 双方应签订书面补充协议，明确扣款金额、原因及发票处理方式；
- 收款方需根据实际收款金额开具发票（如原发票金额高于实际结算金额，需开具红字发票冲减）；
- 若扣款属于价外费用，需按适用税率计算增值税并开具发票。
若扣款属于单方扣款（如未协商一致的罚款）
- 发票处理原则：单方扣款若未获对方认可，可能被认定为无效扣款，此时发票仍需按原合同金额开具。若强行扣款且未达成一致，可能引发税务争议或合同纠纷。
- 风险提示：单方扣款可能违反《民法典》中关于合同变更需协商一致的规定，建议通过协商、仲裁或诉讼解决争议后再处理发票。
若扣款涉及税务合规问题（如虚开发票风险）
- 合规要求：根据《发票管理办法》，发票金额需与实际交易金额一致。若通过扣款变相减少开票金额，可能涉嫌虚开发票（如“大头小尾”发票），面临税务处罚。
- 建议操作：
- 避免以扣款名义调整发票金额，应通过合同变更或补充协议明确实际交易金额；
- 若需调整，务必按实际金额重新开具发票或红字冲销，并留存扣款依据（如质量检测报告、违约金计算明细）。
总结建议：
- 合同执行中扣款需以书面协议为依据，明确扣款性质及发票处理方式；
- 发票金额需与实际结算金额一致，避免税务风险；
- 若对扣款或发票处理有争议，建议及时沟通并保留证据，必要时通过法律途径解决。
如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方案。