结论：事业单位员工被判处刑罚后，单位追缴部分工资的问题，一般应通过劳动仲裁解决，但若涉及民事赔偿或财产返还等民事争议，且劳动仲裁不予受理或已过仲裁时效，则可能需要通过民事诉讼途径解决。

分析说明：

1. 劳动仲裁角度：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，因确认劳动关系发生的争议，因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议，以及因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，均属于劳动争议，适用该法。事业单位员工与单位之间因工资追缴产生的争议，本质上属于劳动报酬争议，因此原则上应通过劳动仲裁解决。
   • 实际操作：员工在收到单位追缴工资的通知后，若对追缴的合法性、合理性有异议，可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求裁决单位是否应追缴工资及追缴的具体金额。

2. 民事诉讼角度：

   • 特殊情况：虽然劳动仲裁是解决劳动争议的主要途径，但在某些特殊情况下，如劳动仲裁不予受理、已过仲裁时效，或者争议内容不仅涉及劳动报酬，还涉及民事赔偿、财产返还等民事争议时，员工可能需要通过民事诉讼途径解决。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，公民、法人和其他组织之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，由人民法院管辖。若事业单位员工被判处刑罚后，单位追缴工资的行为涉及民事赔偿或财产返还等民事争议，且劳动仲裁无法解决时，员工可以向人民法院提起民事诉讼。

行动建议：

• 首先尝试劳动仲裁：员工在收到单位追缴工资的通知后，应首先尝试通过劳动仲裁途径解决争议。可以准备相关证据材料，如劳动合同、工资单、追缴通知等，向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
• 考虑民事诉讼：若劳动仲裁不予受理、已过仲裁时效，或者争议内容涉及民事赔偿、财产返还等民事争议时，员工可以考虑向人民法院提起民事诉讼。在提起诉讼前，建议咨询专业律师，了解诉讼风险和可能的结果。

后续思考依据：

• 在处理此类问题时，员工应关注劳动仲裁和民事诉讼的时效规定，确保在法定时效内提起仲裁或诉讼。
• 同时，员工应保留好相关证据材料，以便在仲裁或诉讼过程中证明自己的主张。

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