如果员工申请劳动仲裁，而公司是挂靠法人（即实际经营人与名义上的法人代表不一致）的情况，处理方式主要取决于实际经营人与挂靠法人之间的关系以及劳动仲裁的具体诉求。以下是一些可能的情况和对应的法律建议：

1. 明确劳动关系主体：

   • 首先，需要确定员工是与实际经营人还是挂靠法人建立的劳动关系。这通常取决于劳动合同的签订方、工资支付方、工作安排方等因素。
   • 如果员工是与挂靠法人签订的劳动合同，且工资由挂靠法人支付，工作也由挂靠法人安排，那么劳动仲裁的被申请人应为挂靠法人。
   • 如果员工实际上是与实际经营人建立劳动关系，但因各种原因（如规避法律、税务等）而与挂靠法人签订合同，那么可能需要通过证据证明实际劳动关系，并将实际经营人作为共同被申请人或第三人。

2. 收集证据：

   • 员工应收集与劳动关系相关的所有证据，包括但不限于劳动合同、工资单、工作证、考勤记录、工作邮件、聊天记录等。
   • 如果涉及实际经营人与挂靠法人之间的关系，员工还应尽可能收集证明两者之间关系的证据，如挂靠协议、合作协议、资金往来记录等。

3. 劳动仲裁申请：

   • 员工应根据收集到的证据，确定正确的被申请人，并向劳动仲裁委员会提交仲裁申请。
   • 仲裁申请中应明确诉求，如要求支付工资、加班费、经济补偿金、赔偿金等，并附上相关证据。

4. 挂靠法人的责任：

   • 如果挂靠法人被认定为劳动关系的一方，那么它将承担相应的法律责任，包括支付工资、加班费、经济补偿金等。
   • 如果挂靠法人与实际经营人之间存在过错或违法行为（如恶意挂靠、逃避法律责任等），那么两者可能需要承担连带责任。

5. 实际经营人的责任：

   • 如果实际经营人被认定为劳动关系的实际主体，那么它将直接承担劳动仲裁中的法律责任。
   • 即使实际经营人未与员工签订劳动合同，但如果存在事实劳动关系，实际经营人仍需承担相应责任。

6. 法律后果与应对：

   • 如果劳动仲裁裁决支持员工的诉求，挂靠法人或实际经营人需履行裁决义务，否则可能面临强制执行等法律后果。
   • 对于挂靠法人和实际经营人来说，应积极应对劳动仲裁，提供证据证明自己的主张，并寻求法律途径解决争议。

在处理此类案件时，建议挂靠法人和实际经营人都应积极配合劳动仲裁委员会的调查和调解工作，并寻求专业律师的帮助以制定合适的应对策略。 如果您作为员工或挂靠法人、实际经营人面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。