该情况是否合法需分情况讨论，关键在于合同约定及实际交易主体是否一致，具体分析如下：

1. 若合同明确约定收款人与开票人分离且交易主体合法，则合法
   根据《民法典》第九百六十一条，行纪合同是行纪人以自己的名义为委托人从事贸易活动，委托人支付报酬的合同。若二手车行纪合同中明确约定：

   • 收款人A为行纪人（如二手车行）指定的合法收款方（如关联公司、财务代管方等）；
     
   • 开票人B为行纪人或其授权的合法开票主体（如行纪人委托的第三方税务服务机构）；
     
   • 且A、B均与行纪人存在合法授权关系（如委托收款协议、税务代理协议），则该操作符合合同约定及税务法规，合法有效。
     关键点：需留存书面授权文件、合同条款明确约定，且开票人B需具备开具二手车发票的合法资质（如二手车交易市场、经销企业等）。

2. 若合同未约定或实际交易主体与合同不符，则可能违法

   • 税务风险：根据《发票管理办法》第二十二条，开票人B需与实际交易主体一致。若B与二手车行纪合同中的行纪人或委托人无关联，且未提供合法授权，可能构成“虚开发票”（如为他人开具与实际经营业务不符的发票），面临税务处罚（《税收征收管理法》第六十一条）。
     
   • 合同风险：若收款人A与开票人B无合法关联，且合同未约定分离操作的合法性，可能被认定为“阴阳合同”或“合同履行瑕疵”，委托人可依据《民法典》第五百七十七条要求行纪人承担违约责任（如赔偿损失、继续履行等）。
     关键点：需核实A、B与行纪人、委托人的实际关系，以及开票内容是否与交易标的（二手车）一致。

建议行动：

1. 立即审查二手车行纪合同条款，确认是否明确约定收款人与开票人分离的合法性；
   
2. 要求行纪人提供A、B的授权文件及开票资质证明（如税务登记证、二手车经营备案证明）；
   
3. 若发现异常（如无授权、开票内容与交易不符），可向税务机关举报或通过诉讼主张合同无效/违约责任。
   

如有进一步证据或细节需分析，可直接向我提供，我将结合具体条款为您详细解答。