结论：公司起诉你每天上厕所1小时这一行为是否合理，关键在于公司能否证明你上厕所的时间过长且严重违反了公司的规章制度或劳动纪律，以及该行为是否对公司的正常运营造成了实质性影响。以下从多个角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动纪律的考量
公司规章制度：首先，需要查看公司的规章制度中是否有关于员工如厕时间的规定。如果公司有明确规定如厕时间，并且你的行为确实超出了这一时间限制，那么公司可能会以此为依据认为你违反了规章制度。但规章制度必须合法合理，且经过民主程序制定并公示，否则可能不具备法律效力。
劳动纪律：即使公司没有明确的如厕时间规定，但如果你的行为被认定为严重违反了劳动纪律，如长时间离岗、影响工作效率等，公司也可能以此为由采取相应的管理措施。然而，“严重违反”需要达到一定的程度，且公司需要提供充分的证据来证明。
二、证据的收集与证明
公司证据：公司需要提供证据来证明你每天上厕所的时间确实过长，且这一行为对公司造成了实质性影响。这可能包括监控录像、同事证言、工作记录等。证据必须真实、合法、有效，且能够直接证明公司的主张。
你的反驳证据：如果你认为公司的指控不成立，你也可以提供证据来反驳。例如，你可以提供医疗证明来证明你因生理原因需要更长时间的如厕，或者提供工作记录来证明你并未因如厕而影响工作效率。
三、法律后果与应对策略
如果公司指控成立：如果公司能够提供充分证据证明你每天上厕所的时间过长且严重违反了规章制度或劳动纪律，那么公司可能会对你进行纪律处分，甚至解除劳动合同。但公司解除劳动合同必须符合法定条件，且需要按照法定程序进行。
如果公司指控不成立：如果公司无法提供充分证据来证明其主张，或者你的行为并未达到严重违反规章制度或劳动纪律的程度，那么公司的起诉可能不会被支持。在这种情况下，你可以要求公司撤销对你的指控，并恢复你的名誉和权益。
应对策略：面对公司的起诉，建议你首先保持冷静，不要与公司发生直接冲突。然后，积极收集证据来支持自己的主张，并咨询专业律师（即我）的意见。在律师的指导下，你可以制定合适的应对策略，以维护自己的合法权益。
四、类似案例参考
在类似案例中，法院通常会综合考虑多种因素来做出判决。例如，法院会考虑公司的规章制度是否合法合理、公司是否提供了充分证据来证明员工的行为违反了规章制度或劳动纪律、员工的行为是否对公司的正常运营造成了实质性影响等。因此，在处理此类纠纷时，需要充分考虑这些因素，并制定合适的应对策略。
最后，如果你面临公司起诉你每天上厕所1小时的情况，建议你及时咨询我，以便我能够根据你的具体情况提供有针对性的法律建议。同时，你也需要积极收集证据来支持自己的主张，以维护自己的合法权益。