在机动车交通事故案件中，通常不能直接起诉用人单位，但存在特定情形时可以将用人单位列为共同被告或单独被告。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则
直接责任主体：在机动车交通事故责任纠纷中，直接责任主体通常是肇事车辆的驾驶员或其投保的保险公司。根据《中华人民共和国民法典》第一千二百一十三条的规定，机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，先由承保机动车强制保险的保险人在强制保险责任限额范围内予以赔偿；不足部分，由承保机动车商业保险的保险人按照保险合同的约定予以赔偿；仍然不足或者没有投保机动车商业保险的，由侵权人（即驾驶员）赔偿。
用人单位责任：一般情况下，雇员在执行职务过程中因故意或重大过失致人损害的，应由用人单位（雇主）承担赔偿责任。然而，在机动车交通事故责任纠纷中，由于法律已明确规定了责任承担顺序和方式，因此通常不直接将用人单位作为被告。但这并不意味着用人单位完全不承担责任，而是其责任承担方式有特定规定。
二、特殊情形
用人单位与雇员承担连带责任：
- 如果雇员在从事雇佣活动中致人损害，且用人单位存在过错（如选任、监督等方面的过失），受害人可以请求用人单位与雇员承担连带责任。在此情形下，用人单位可以被列为共同被告。
- 例如，如果用人单位明知雇员没有驾驶资格或驾驶技能不佳，仍安排其驾驶车辆执行工作任务，并因此发生交通事故，那么用人单位就可能因选任过失而承担连带责任。
提供劳务一方因劳务受到损害：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百九十二条的规定，个人之间形成劳务关系，提供劳务一方因劳务受到损害的，根据双方各自的过错承担相应的责任。
- 如果雇员在驾驶车辆执行工作任务时发生交通事故并受伤，且用人单位存在过错（如未提供安全的工作环境、未进行必要的安全培训等），雇员可以起诉用人单位要求赔偿。但这属于提供劳务者受害责任纠纷，与机动车交通事故责任纠纷有所不同。不过，在实务中，这两种纠纷可能因同一事实而引发，需要仔细区分。
挂靠情形下的责任承担：
- 以挂靠形式从事道路运输经营活动的机动车发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，由挂靠人和被挂靠人承担连带责任。
- 在此情形下，如果用人单位是被挂靠人，受害人可以将用人单位（被挂靠人）与挂靠人列为共同被告。例如，一辆挂靠在某运输公司名下的货车发生交通事故，那么运输公司（被挂靠人）和货车实际车主（挂靠人）就可能因连带责任而被列为共同被告。
三、法律建议
- 如果您在机动车交通事故中受到损害，并认为用人单位可能存在过错或应承担连带责任，建议您首先收集相关证据（如事故认定书、雇佣关系证明、用人单位过错证据等）。
- 然后，您可以咨询专业律师（比如我，于莹莹律师，专注于刑事辩护、交通事故领域），根据您的具体情况和证据情况，分析用人单位是否应承担责任以及承担何种责任。
- 最后，根据律师的建议，您可以决定是否起诉用人单位以及如何起诉（如单独起诉还是共同起诉）。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。