关于您提出的“出租房与承租方签订了承包合同，出租方厂房建在村民宅基地上，合同是否有效”的问题，这需要根据具体情况综合判断，以下从多个角度进行分析：
一、合同可能有效的情况
合同主体合格且意思表示真实：
- 出租人和承租人都必须具备相应的民事行为能力，即双方都达到法定年龄且精神状况正常，能够理解并承担合同约定的权利和义务。
- 租赁合同的签订必须是双方在自愿、平等的基础上达成的，不存在欺诈、胁迫、重大误解等影响合同效力的情形。
合同内容合法合规：
- 合同条款应符合法律法规规定，不得违反法律强制性规定。租赁用途必须合法，不是用于违法犯罪活动。
- 租赁期限不得超过二十年，超过部分无效。同时，若租赁期限六个月以上，应当采用书面形式，以确保合同的稳定性和有效性。
房屋合法性：
- 出租房屋应是合法建筑，拥有相关的审批手续，不存在产权纠纷等问题。如果房屋是违法建筑或存在产权纠纷，租赁合同将无效。
符合宅基地使用规定：
- 宅基地上房屋属于农民私有财产，房屋所有权人有权将其出租供他人居住使用，但需确保租赁行为不改变宅基地的原有属性和用途。
- 在本集体经济组织成员内部，符合相关规划和用途管制要求、不损害集体和其他成员利益的前提下，将宅基地出租用于居住等合法目的，且经过法定程序（如经过本集体经济组织同意等），租赁合同可能被认定有效。
二、合同可能无效的情况
房屋非法性：
- 如果宅基地上的房屋是未经批准擅自建造，或者建造的房屋违反了土地利用总体规划、城乡规划等，那么该房屋属于违法建筑，租赁此类房屋的合同无效。
改变宅基地用途：
- 宅基地主要用于农村村民居住，若租赁合同将房屋用于非居住的经营性用途（如开设工厂、商业店铺等），且这种改变违反了当地宅基地管理规定，合同通常无效。
- 特别是将宅基地出租给非本集体经济组织成员用于非居住目的，很可能因违反宅基地分配政策而无效。
违反法律法规：
- 若租赁合同存在违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗的情形，该租赁合同也会被认定无效。
合同形式或程序瑕疵：
- 租赁期限六个月以上未采用书面形式的，视为不定期租赁，可能影响合同的稳定性和有效性。
- 若租赁行为未经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或代表同意，并报乡（镇）人民政府批准（如当地有此要求），也可能导致合同无效。
三、特殊情况下的有效性考量
- 在某些特殊情况下，如本集体经济组织成员内部的租赁，且符合相关规划和用途管制要求、不损害集体和其他成员利益，同时经过法定程序（如经过本集体经济组织同意等），该租赁合同可能被认定有效。这体现了对宅基地合理使用的灵活性和对集体经济组织成员权益的保护。
四、建议与风险提示
- 签订合同前：双方应仔细审查合同条款，确保合同的合法性和有效性。特别是要确认出租方的身份和资格，确保其具备合法处分权。
- 咨询专业人士：如有必要，可咨询专业律师或相关机构进行法律咨询和风险评估，以避免未来可能发生的纠纷和法律风险。
- 关注政策变化：由于宅基地政策可能因地区和时间而异，因此双方应关注当地政策变化，确保租赁行为符合最新政策要求。
综上所述，出租方厂房建在村民宅基地上的承包合同是否有效，需根据合同主体、意思表示、合同内容、房屋合法性及用途等多方面因素综合判断。如果您有具体的合同条款或当地政策要求需要进一步分析，请直接向我咨询。