被留置后若确定违纪，工资补发需根据违纪性质、单位规章制度及法律法规综合判断，通常需分情况处理：

1. 违纪性质与单位制度挂钩
   若违纪行为未达到严重违反单位规章制度或法律法规的程度（如轻微迟到、未完成工作任务等），单位可能仅扣除部分绩效工资或奖金，补发时需按实际扣除金额返还。若违纪行为已构成严重违反单位制度（如贪污、泄露商业秘密等），单位可能依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，此时工资补发需结合单位内部规定及地方性法规处理。

2. 留置期间的工资处理原则
   根据《监察法》第44条，被留置人员工资待遇需分阶段处理：

   • 留置期间：若最终未被认定违法犯罪，单位应补发留置期间的基本工资（含岗位工资、薪级工资等固定部分），但绩效工资、奖金等浮动部分可能不予补发；
     
   • 留置后解除留置：若被认定存在违纪行为但未达到刑事犯罪，单位可依据内部规定扣除部分工资，但扣除比例需符合《工资支付暂行规定》第16条（即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准）；
     
   • 留置后移送司法机关：若被认定构成犯罪，单位可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，此时工资补发需按实际工作天数结算，但违纪所得（如贪污款项）需依法追缴。

3. 补发流程与证据要求
   若需补发工资，劳动者应向单位提供留置解除证明、无犯罪记录证明等材料，并要求单位出具工资扣除明细。若单位拒绝补发，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，需提交劳动合同、工资条、留置决定书等证据。

建议：若涉及复杂违纪情形（如涉及刑事犯罪、跨地区用工等），建议携带单位规章制度、工资条、留置相关文件等材料，进一步向我咨询具体补发方案。