职工个人档案中只有劳动合同的情况下，需根据具体需求和场景采取不同措施，核心结论如下：

1. 若档案仅用于证明劳动关系
   劳动合同本身是证明劳动关系最直接、有效的法律文件，根据《劳动合同法》第16条，劳动合同由用人单位与劳动者协商一致后签署，双方各执一份。若档案中仅有劳动合同，但需证明劳动关系存续期间、岗位、薪资等基础信息，该合同已能满足基本需求。
   建议：若合同内容完整（包含双方信息、合同期限、工作内容、劳动报酬等必备条款），无需额外补充材料；若合同缺失关键信息（如薪资约定模糊），可要求用人单位补充书面说明或通过工资发放记录、考勤记录等辅助证明。

2. 若档案需用于职称评定、退休办理等特定场景
   部分行政程序（如职称申报、社保退休审核）可能要求档案中包含“职工履历表”“招工登记表”“工资调级表”等材料，仅劳动合同可能不符合要求。例如，根据《企业职工档案管理工作规定》第9条，职工档案应包含“录用、聘用、招工材料”，劳动合同虽能替代部分功能，但无法完全覆盖所有历史记录。
   建议：

   • 联系原用人单位人事部门，申请补办或复印缺失材料（如入职时的招工登记表、历年考核表等）；
     
   • 若用人单位已注销或无法联系，可向当地档案馆、人才市场查询是否有备份记录；
     
   • 若仍无法补全，可由现用人单位出具《工作经历证明》，说明劳动关系存续情况及岗位信息，作为补充材料。

3. 若档案用于劳动争议维权
   若因未签劳动合同、违法解除等争议需维权，仅有一份劳动合同反而可能成为优势（证明双方已签署书面合同）。但若争议涉及加班费、未休年假等，需结合其他证据（如考勤记录、工资条、工作邮件等）综合举证。
   建议：

   • 保留劳动合同原件及复印件，作为基础证据；
     
   • 同步收集与争议相关的其他证据（如加班审批单、银行流水等），形成完整证据链；
     
   • 若用人单位拒绝提供档案或篡改内容，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位出具完整档案。

总结：个人档案中仅有劳动合同是否影响权益，需结合具体用途判断。若仅需证明劳动关系，合同已足够；若涉及行政程序或复杂争议，需补充其他材料。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的应对方案。