公司删除曾经申报的纳税记录属于违法行为，且该行为可能影响劳动纠纷的举证，但劳动者仍可通过多种途径维护自身权益。以下从不同角度进行分析：

从公司行为合法性角度

1. 公司删除纳税记录属于违法行为 纳税记录是公司履行纳税义务的重要凭证，受到税务机关的严格监管。根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，公司有义务如实保存纳税记录等相关税务资料，不得随意删除、篡改。如果公司擅自删除曾经申报的纳税记录，可能面临税务机关的处罚，包括但不限于罚款等。
2. 该行为可能影响劳动纠纷中的举证 在劳动纠纷中，纳税记录有时可以作为证明劳动关系、工资收入等重要事实的证据。例如，纳税记录可以显示公司为劳动者申报工资薪金所得的情况，从而间接证明双方存在劳动关系以及劳动者的工资水平。公司删除纳税记录，可能会给劳动者的举证带来一定困难，但这并不意味着劳动者就无法维护自己的权益。

从劳动者维权途径角度

1. 向税务机关举报 劳动者可以向当地税务机关举报公司的违法行为。税务机关在接到举报后，会依法进行调查核实。如果查实公司确实存在删除纳税记录等违法行为，税务机关会依法对公司进行处罚，并可能根据劳动者的申请，出具相关的税务证明材料，帮助劳动者在劳动纠纷中举证。
2. 收集其他证据证明劳动关系和工资收入 除了纳税记录外，劳动者还可以收集其他证据来证明劳动关系和工资收入。例如，劳动合同、工资条、银行工资流水、工作证、考勤记录、同事证言等。这些证据可以相互印证，形成一个完整的证据链，证明劳动者与公司之间存在劳动关系以及劳动者的工资收入情况。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼 在收集到足够的证据后，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司承担相应的法律责任，如支付拖欠的工资、经济补偿金等。如果对劳动仲裁结果不服，劳动者还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。