签订协议时未告知合作费用由非协议主体的公司代收，一般不能直接主张合同无效，但可能构成违约或存在欺诈情形，需根据具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：
从合同无效的法定情形角度
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效的情形主要包括以下几种：
- 无民事行为能力人实施的民事法律行为无效：例如，不满八周岁的未成年人是无民事行为能力人，其签订的合同无效。但本题中未提及签订协议的主体是无民事行为能力人，所以该情形不适用。
- 行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效：即双方表面上签订合同，但实际上并没有真正的履行意愿，而是为了其他非法目的。本题中仅是未告知费用代收情况，并非双方虚假意思表示，所以该情形也不适用。
- 违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外：如果协议内容本身违反了法律或行政法规的强制性规定，那么合同可能无效。但本题中未告知费用代收公司的情况，并不直接违反法律或行政法规的强制性规定，所以一般不能据此主张合同无效。
- 违背公序良俗的民事法律行为无效：公序良俗是指公共秩序和善良风俗。本题中的情况并未违背公序良俗，所以该情形同样不适用。
- 行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效：如果双方是为了损害第三方的利益而签订合同，那么合同无效。但本题中并未提及存在恶意串通损害他人利益的情况，所以该情形也不符合。
从违约和欺诈的角度
- 违约角度：如果协议中明确约定了费用的收取方式和主体，而一方未按照约定履行，即未告知合作费用由非协议主体的公司代收，那么该方可能构成违约。此时，另一方可以依据协议中的违约条款要求其承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
- 欺诈角度：如果一方在签订协议时故意隐瞒费用代收的重要事实，导致另一方在违背真实意思的情况下签订了协议，那么该行为可能构成欺诈。根据《中华人民共和国民法典》的规定，一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。但需要注意的是，撤销合同与主张合同无效是不同的法律概念，撤销合同是在合同有效的基础上，因存在法定事由而请求法院或仲裁机构使其失去效力。
实际操作建议
- 审查协议内容：首先，你需要仔细审查协议中关于费用收取的条款，看是否有明确约定费用的收取方式和主体。
- 收集证据：如果认为对方存在违约或欺诈行为，你需要收集相关证据，如协议文本、沟通记录、付款凭证等，以证明你的主张。
- 协商或诉讼：在收集到足够证据后，你可以先尝试与对方协商解决纠纷。如果协商无果，你可以向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求对方承担相应的法律责任。
如果你在处理此类纠纷时遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。