结论前置：员工请假期间，合同原则上应当及时签订，不建议等待员工回来上班后再签，但具体是否可行需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律层面分析
合同签订的时效性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。虽然法律并未明确规定合同必须在员工入职当天或请假前签订，但为了保障双方的权益，避免后续纠纷，建议用人单位在员工入职时或请假前尽快完成合同签订。
请假期间的合同签订：
- 员工请假并不构成合同签订的障碍。用人单位可以通过邮寄、电子邮件或其他电子方式将合同发送给员工，要求其在请假期间签署并返回。如果员工因特殊原因无法及时签署，用人单位可以与员工协商，约定一个合理的期限，要求员工在期限内签署并返回合同。
二、实际操作层面分析
合同签订的灵活性：
- 在实际操作中，如果员工请假时间较短，且双方对合同内容无异议，可以等待员工回来上班后再签订合同。但这种情况应尽量避免，因为一旦发生纠纷，如员工主张未签订书面合同的双倍工资等，用人单位可能会面临法律风险。
风险防控建议：
- 为了降低风险，用人单位可以在员工请假前或请假期间，通过电子邮件、微信等方式与员工确认合同内容，并要求员工以书面形式（如回复邮件、签署电子合同等）确认同意合同条款。这样，即使合同在员工回来上班后才正式签署，也能在一定程度上证明双方对合同内容已经达成一致。
三、特殊情况处理
员工拒绝签署合同：
- 如果员工在请假期间或回来上班后拒绝签署合同，用人单位应首先与员工沟通，了解其拒绝签署的原因。如果员工无正当理由拒绝签署，用人单位可以依据相关法律法规和公司规章制度，采取相应的措施，如解除劳动关系等。
合同内容变更：
- 如果在员工请假期间，合同内容发生了变更（如工资调整、工作岗位变动等），用人单位应及时与员工沟通，并重新签订或补充签订合同。这种情况下，更不建议等待员工回来上班后再处理，以免因信息不对称或沟通不畅导致纠纷。
总结与建议：从法律层面和实际操作层面来看，员工请假期间合同原则上应当及时签订。为了避免潜在的法律风险和纠纷，建议用人单位在员工请假前或请假期间，通过适当的方式与员工完成合同签订或确认合同内容。如果确实需要等待员工回来上班后再签订合同，也应确保双方对合同内容无异议，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。