在刑事案件中，对证据有意见通常可以在以下几个关键阶段提出：
侦查阶段：
- 提出时机：在公安机关进行侦查活动时，如果犯罪嫌疑人或其辩护律师发现收集的证据存在问题，如证据的合法性、真实性或关联性存疑，可以及时向公安机关提出异议。
- 法律依据：根据《刑事诉讼法》的相关规定，犯罪嫌疑人有权对侦查人员的提问如实陈述，同时也有权对与案件无关的问题拒绝回答，并可以对侦查活动中存在的违法行为提出控告。辩护律师在侦查阶段也有权为犯罪嫌疑人提供法律帮助，包括提出证据异议。
审查起诉阶段：
- 提出时机：当案件移送至人民检察院进行审查起诉时，犯罪嫌疑人或其辩护律师可以仔细审查案件材料，对证据的合法性、充分性等提出意见。
- 操作方式：此时，可以通过向人民检察院提交书面意见或申请召开听证会等方式，对证据问题提出异议，并要求人民检察院进行审查并作出相应处理。
审判阶段：
- 提出时机：在案件进入法院审判阶段后，被告人或其辩护律师可以在庭审过程中对证据进行质证，对证据的合法性、真实性、关联性以及证明力等提出异议。
- 法律依据：根据《刑事诉讼法》的规定，庭审过程中，控辩双方有权对证据进行质证，并可以就证据的采信问题发表意见。法院将根据控辩双方的质证和辩论情况，对证据进行审查判断，并作出是否采信的决定。
额外建议：
- 在提出证据异议时，务必确保异议的提出具有合理性和合法性，避免无端质疑或恶意干扰诉讼进程。
- 提出异议时，应尽可能提供充分的理由和证据支持自己的观点，以便说服办案机关采纳自己的意见。
- 如果对证据问题存在疑问或不确定如何提出异议，可以及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。