结论：在别的公司交社保是否影响招标合法性需分情况讨论，具体如下：

1. 若社保缴纳行为本身合法，且不影响投标人独立性与资质审查，则不影响招标合法性
   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位应自用工之日起30日内为员工办理社保登记。若员工与A公司存在劳动关系，但由关联公司B代缴社保（需签订代缴协议并明确权利义务），且A公司具备招标文件要求的资质、财务独立核算、人员独立管理，则社保代缴行为本身不构成违法，也不影响A公司参与招标的合法性。但需注意：部分地区社保部门可能对代缴行为有额外要求（如需备案），若未履行手续可能面临行政处罚，但处罚本身不直接导致招标无效。

2. 若社保缴纳行为违法（如虚构劳动关系、逃避社保缴费义务），则可能影响招标合法性
   若投标人与代缴公司无实际劳动关系，仅通过“挂靠”方式缴纳社保以虚构员工数量或资质，则违反《社会保险法》第八十八条（以欺诈、伪造证明材料等手段骗取社保待遇），可能面临行政处罚（如罚款、暂停社保业务）。若招标文件明确要求投标人“社保缴纳记录需与劳动关系一致”或“无重大违法记录”，此类行为可能导致投标被否决；若已中标，招标人可依据《招标投标法实施条例》第五十五条主张中标无效。

3. 特殊情形：分支机构参与招标时的社保缴纳问题
   若投标人为分公司（无独立法人资格），其员工社保可能由总公司统一缴纳。此时需提供总公司与分公司的隶属关系证明、社保缴纳明细等材料，证明员工实际为分公司服务。只要分公司具备招标文件要求的资质（如营业执照、税务登记等），社保缴纳方式不影响招标合法性。

建议：

• 招标前：仔细核对招标文件对社保缴纳的要求，确保自身缴纳方式符合规定；若涉及代缴，提前准备代缴协议、劳动关系证明等材料。
  
• 招标中：若被质疑社保缴纳问题，可从“劳动关系真实性”“社保缴纳合规性”“对项目履约能力无影响”三方面答辩。
  
• 争议解决：若因社保问题被否决中标，可依据《招标投标法》第六十五条提出异议或投诉，要求招标人说明理由；若认为理由不成立，可向行政监督部门（如发改委、住建部门）申请复核。
  

如有具体案例或地区政策疑问，可进一步向我咨询。