员工入职三个月后请病假，其工资及假期计算需结合医疗期规定、病假工资标准、公司规章制度三方面综合判断。以下是具体分析：

1. 医疗期时长：决定病假合法期限

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期长度与员工工龄及在本单位工作年限相关。对于入职三个月的员工：

• 若累计工龄＜10年：在本单位工作年限＜5年的，医疗期为3个月；
• 若累计工龄≥10年：医疗期为6个月（但入职仅三个月，实际适用3个月概率更高）。

结论：员工入职三个月后请病假，若医疗期未满（如累计工龄＜10年时，3个月内），公司需批准病假；若医疗期已满仍无法返岗，公司可依法解除劳动合同并支付经济补偿。

2. 病假工资标准：需符合法定最低要求

病假期间工资发放需遵守《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及地方性法规（如《上海市企业工资支付办法》）：

• 基础标准：病假工资不得低于当地最低工资标准的80%（部分地区如上海明确此标准）；
• 连续病假分段计算：部分地区规定，连续病假6个月内，工龄＜2年按60%工资发放，2-4年按70%发放，4年以上按80%发放（但入职三个月员工通常按最低档或地方统一标准执行）。

示例：若当地最低工资为2590元/月，则病假工资至少为2590×80%=2072元/月。

3. 公司规章制度：需合法且公示

公司可在不违反法律的前提下制定病假管理细则，例如：

• 请假流程：要求员工提供医院出具的《病假建议书》或诊断证明；
• 虚假病假处理：明确若查实虚假病假，公司可按严重违纪解除劳动合同；
• 病假与年假抵扣：部分公司规定短期病假优先抵扣年假（需员工同意或符合地方规定）。

注意：若公司规章制度与法律冲突（如规定病假工资低于最低标准80%），则该条款无效，需以法律规定为准。

4. 特殊情形：试用期病假

若员工仍在试用期（通常3-6个月），公司需注意：

• 试用期中止：根据《劳动合同法》，医疗期内试用期中止，待医疗期满后继续计算；
• 解除限制：医疗期内公司不得以“不符合录用条件”为由解除劳动合同，否则构成违法解除。

建议：公司可与员工协商调整岗位或安排灵活工作，但需员工书面同意。

总结建议

1. 核实医疗期：根据员工工龄确认剩余医疗期时长；
2. 核对工资标准：确保病假工资不低于最低标准80%；
3. 审查规章制度：检查病假流程、证明材料要求是否合法；
4. 沟通协商：与员工明确返岗时间，避免纠纷。

如有具体案例细节（如员工工龄、公司所在地、病假时长等），可进一步向我咨询，我会结合地方规定提供更精准的解答。