面对公司与员工签订延时发放工资协议的情况，劳动局（或更具体地说，是劳动监察部门及劳动争议处理机构）会依据相关法律法规来处理此类问题。以下是一个详细且有条理的处理流程说明：
一、初步了解与沟通
劳动者反馈：
- 劳动者在发现公司延迟发放工资后，首先应尝试与公司进行友好沟通，了解延迟发放的具体原因，并表达自己对工资按时发放的合理诉求。
- 若公司给出了合理的解释并承诺了明确的发放时间，劳动者可以暂时等待，但应保留好沟通记录作为后续可能的证据。
公司解释与协议内容：
- 劳动局在接到劳动者投诉或咨询时，会要求公司提供与员工签订的延时发放工资协议，并审查协议内容是否合法合规。
- 协议若违反法律法规（如无故长期拖欠工资、未明确发放时间等），则不具备法律效力，劳动局将要求公司立即整改。
二、劳动监察部门介入
投诉受理：
- 若劳动者与公司沟通无果，或认为公司行为违法，可向当地劳动监察部门投诉。
- 投诉时需携带本人身份证复印件、劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据，以及能够证明工资应发金额和发放时间的其他材料。
调查核实：
- 劳动监察部门将对公司进行调查核实，包括查阅公司财务记录、与员工面谈等。
- 若调查发现公司确实存在延迟发放工资且无正当理由的情况，劳动监察部门将要求公司立即支付拖欠的工资，并可能对公司进行行政处罚。
三、劳动争议处理
申请劳动仲裁：
- 若劳动者对劳动监察部门的处理结果不满意，或公司未按照要求支付工资，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 仲裁申请需在规定时效内提出（通常为一年），并提交详细的仲裁申请书及证据材料。
仲裁审理与裁决：
- 劳动争议仲裁委员会将依法审理案件，并作出裁决。
- 若裁决公司需支付拖欠的工资及可能的赔偿金，公司应履行裁决义务。
提起诉讼：
- 若劳动者对仲裁结果仍不满意，或公司未履行仲裁裁决，劳动者可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。
- 法院将依法审理案件，并作出最终判决。若公司仍不履行生效判决，劳动者可申请强制执行。
四、其他注意事项与建议
保留证据：
- 在整个处理过程中，劳动者应始终注意收集和保存相关证据，如沟通记录、工资条、考勤记录等。
了解法律法规：
- 劳动者应了解相关法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等，以便更好地维护自己的合法权益。
寻求专业帮助：
- 若劳动者在处理过程中遇到困难或疑问，可以寻求专业法律帮助或咨询劳动争议调解组织。
综上所述，劳动局（及劳动监察部门、劳动争议处理机构）在处理公司与员工签订延时发放工资协议的问题时，会依据相关法律法规进行调查核实，并要求公司按时支付工资。劳动者应依法有序采取相应措施，确保自身合法权益得到有效维护。