不申请鉴定合同，可能导致无法准确认定合同关键事实，进而影响合同纠纷的处理结果，具体影响需分情况讨论：
合同真实性存疑时
若合同真实性是争议焦点（如伪造签名、篡改条款），不申请鉴定将导致法院无法通过笔迹鉴定、文件形成时间鉴定等技术手段确认合同效力。此时法院可能直接依据现有证据认定合同真实性，若对方证据更充分，您可能承担举证不能的不利后果。例如在借款纠纷中，若您主张合同被篡改但拒绝鉴定，法院可能认定合同真实有效。
合同履行情况争议时
当合同履行标准、质量规格等存在争议（如工程验收标准、货物质量参数），不申请专业鉴定（如工程质量鉴定、产品质量检测）将使法院难以客观认定履行是否符合约定。此时可能直接采纳对方主张的履行标准，导致您需承担额外责任。例如在建设工程施工合同中，若您拒绝申请工程质量鉴定，法院可能直接认定工程存在质量问题。
合同效力认定争议时
若合同效力涉及专业判断（如是否违反强制性规定、是否构成欺诈），不申请司法鉴定（如资产评估、专业机构咨询）将使法院缺乏技术依据。此时可能直接依据表面证据认定合同效力，若您主张合同无效但拒绝提供专业依据，法院可能认定合同有效。例如在股权转让合同中，若您主张转让价格显失公平但拒绝申请资产评估，法院可能认定价格合理。
建议：当合同争议涉及专业事实认定时，应及时申请司法鉴定以固定关键证据。若因客观原因无法申请，需通过其他证据（如证人证言、交易习惯等）形成证据链，否则可能承担不利诉讼后果。具体操作可结合案件细节进一步分析，您可直接向我咨询具体案件的应对策略。