结论前置：公司负激励扣报销款是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法有效、负激励措施是否合理且不违反法律法规强制性规定，以及是否侵犯员工合法权益。以下从不同角度详细分析：
一、公司规章制度合法性角度
规章制度制定程序合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司负激励扣报销款的规章制度未经上述程序制定，则可能因程序违法而无效，公司据此扣款即不合法。
规章制度内容合法性：
- 规章制度内容不得违反法律、法规的强制性规定。例如，不得规定扣除员工工资超过法定比例或限额，不得侵犯员工的基本生活权益等。
- 若公司负激励扣报销款的规章制度内容违反法律法规强制性规定，则该规章制度无效，公司据此扣款同样不合法。
二、负激励措施合理性角度
负激励措施与违规行为匹配性：
- 负激励措施应与员工的违规行为相匹配，即违规行为的严重程度与扣款的金额或比例应相适应。
- 若公司负激励扣报销款的措施过于严厉，与员工违规行为不成比例，则可能因显失公平而被认定为不合法。
负激励措施是否侵犯员工合法权益：
- 负激励措施不得侵犯员工的基本生活权益，如不得扣除员工工资至低于当地最低工资标准。
- 若公司负激励扣报销款的措施导致员工工资低于最低工资标准，或影响员工基本生活，则该措施不合法。
三、实际操作角度
报销款性质：
- 报销款通常属于员工因工作产生的费用支出，公司应予以报销。若公司将报销款与负激励挂钩，需明确报销款与违规行为之间的直接关联性。
- 若报销款与违规行为无直接关联，或公司无法证明违规行为与报销款之间的合理性，则扣款行为可能不合法。
扣款程序合规性：
- 公司在扣款前应告知员工扣款的原因、金额及依据，并听取员工的陈述和申辩。
- 若公司未履行上述程序，或扣款程序存在瑕疵，则扣款行为可能因程序违法而不合法。
法律建议：
- 若公司拟实施负激励扣报销款措施，应确保规章制度制定程序合法、内容合法，且负激励措施合理、不侵犯员工合法权益。
- 员工在面对公司负激励扣报销款时，应首先查看公司规章制度，了解扣款的原因、金额及依据。若认为扣款行为不合法，可与公司协商解决，或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等。
可能法律后果：
- 若公司负激励扣报销款行为被认定为不合法，公司可能面临支付违法扣除的款项、赔偿员工损失、接受劳动监察部门处罚等法律后果。
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