结论：员工加班时钉钉没来得及打下班卡，而直接打了第二天加班卡，是否会被扣工资，这主要取决于公司的规章制度以及实际情况，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 规章制度明确规定：如果公司的规章制度中明确规定了加班打卡的具体流程，比如必须分别打卡上班和下班，且未按照此流程打卡将视为无效加班或扣除相应工资，那么员工未按照规定打卡，公司有权根据规章制度扣除工资。
   • 规章制度未明确规定或规定不合理：如果公司的规章制度中并未明确规定加班打卡的具体流程，或者规定过于苛刻、不合理，导致员工在正常加班情况下因未打卡而被扣工资，那么这种做法可能缺乏合理性，员工有权提出异议。

2. 实际情况的角度：

   • 员工能证明加班事实：如果员工能够提供其他证据证明自己确实加班了，比如加班时的工作记录、同事的证言等，那么即使未打卡，也不应被扣除工资。因为打卡只是证明加班的一种方式，并非唯一方式。
   • 员工无法证明加班事实：如果员工无法提供其他证据证明自己加班了，那么仅凭未打卡这一事实，公司可能会认为员工未加班或加班时间不足，从而扣除相应工资。但这种情况下，公司也应谨慎处理，避免误扣员工工资。

3. 法律建议：

   • 员工方面：建议员工在加班时尽量按照公司规定打卡，并保留好加班的相关证据，如工作记录、同事证言等。如果因未打卡而被扣工资，可以与公司沟通协商，提供证据证明自己确实加班了。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 公司方面：建议公司制定合理、明确的加班打卡制度，并确保员工知晓并遵守。同时，在处理未打卡情况时，应综合考虑员工的工作记录、同事证言等证据，避免误扣员工工资。如果确实需要扣除工资，也应按照法律法规和公司规章制度的规定进行，并确保扣除的金额合理、合法。

可能法律后果：如果公司因员工未打卡而扣除工资的行为缺乏合理性或违反了法律法规和公司规章制度的规定，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并可能获得相应的赔偿。因此，公司在处理此类问题时应谨慎行事，确保合法合规。

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