渔船作业时被航行渔船撞了，您可以按照以下步骤来处理：

1. 立即停船并保护现场：

   • 在发生碰撞后，两艘渔船都应立即停船，并尽可能保持现场原状，以便后续的事故调查和责任认定。这是根据海上交通安全和事故处理的基本原则，确保事故现场不被破坏，为后续的调查提供准确的信息。

2. 抢救受伤人员并报警或报告海事部门：

   • 如果事故中有人员受伤，应立即进行抢救，并尽快报警或报告当地的海事部门。报警或报告时，应详细说明事故发生地点、人员伤亡情况和渔船损坏程度等信息。海事部门将会到场进行勘查，并记录事故现场情况，为后续的责任认定提供依据。

3. 配合海事部门调查并认定责任：

   • 在海事部门到场后，应积极配合其进行事故调查，包括提供个人信息、渔船信息以及事故发生的详细经过等。海事部门将根据调查结果进行责任认定，并出具海上交通事故责任认定书。这一步骤至关重要，因为责任认定将直接影响后续的赔偿和处理方式。

4. 协商处理或诉讼解决：

   • 协商处理：根据事故责任认定结果，如果双方对责任认定无异议，并愿意通过协商解决问题，可以签订协议书并履行赔偿义务。协商处理通常更为快捷和经济，有助于双方尽快恢复正常的生产和生活。
   • 诉讼解决：如果协商不成或对事故责任认定有异议，可以向有管辖权的海事法院提起诉讼，通过法律途径解决争议。在诉讼过程中，需要提供充分的证据来支持自己的主张，包括事故责任认定书、渔船损坏照片、维修费用清单等。

5. 保险赔偿与救助基金：

   • 保险赔偿：如果肇事的渔船有保险，且保险范围覆盖此类事故，可以向保险公司提出赔偿请求。保险公司将在责任限额范围内进行赔偿，减轻您的经济损失。
   • 救助基金：如果肇事渔船没有保险或者保险不足以赔偿您的损失，且符合相关条件，可以向海上救助基金申请救助。海上救助基金通常用于垫付海上交通事故中的抢救费用和其他必要费用，并有权向交通事故责任人追偿。

在处理过程中，您还需要注意以下几点：

• 保留好相关证据：如事故现场照片、视频、证人证言、事故责任认定书、渔船维修费用清单等，以便在协商或诉讼过程中证明您的损失情况。
• 了解相关法律法规：熟悉《中华人民共和国海上交通安全法》等相关法律法规，以便在处理事故时能够维护自己的合法权益。
• 及时咨询专业律师：如果您在处理事故过程中遇到法律难题或需要进一步的法律帮助，可以及时向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。

希望以上建议能对您有所帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。