针对您提出的“员工离职不回来办离职手续，微信怎么确认合法有效”的问题，这确实是一个涉及劳动法和实际操作流程的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：

一、微信确认离职的合法性及有效性

在员工离职但不愿或无法亲自回来办理离职手续的情况下，通过微信进行离职确认是一种可能的沟通方式。然而，要确保这种确认方式合法有效，您需要注意以下几点：

1. 文字确认：尽量通过微信文字形式明确表达离职意愿和离职日期，避免使用语音或模糊表述。文字记录可以作为后续法律纠纷的证据。

2. 双方同意：确保离职确认是双方自愿且达成一致的结果。如果员工在微信中明确表示同意离职，并确认了离职日期和相关事宜，这通常被视为有效的离职确认。

3. 保存证据：务必保存好微信聊天记录，包括离职确认的对话、时间戳等，以备不时之需。这些证据在劳动仲裁或法律诉讼中可能起到关键作用。

二、离职手续的合法流程

尽管微信确认可以作为一种沟通方式，但正式的离职手续仍需遵循一定的法律流程：

1. 书面通知：如果可能，最好通过书面形式（如邮件、EMS等）向员工发送离职通知，明确离职日期、离职原因、工资结算等事宜。这有助于确保离职流程的正式性和合法性。

2. 工作交接：要求员工在离职前完成工作交接，包括归还公司财产、交接工作资料等。如果员工通过微信确认离职但不愿回来办理交接，您可以考虑通过远程方式（如视频会议、邮件等）进行部分交接，并明确剩余交接事项的完成时间和方式。

3. 离职证明：在员工完成所有离职手续后，为其出具离职证明。这是员工后续求职或办理社保转移等事宜的重要依据。

三、应对员工不配合的情况

如果员工通过微信确认离职后仍不愿回来办理离职手续，您可以采取以下措施：

1. 再次沟通：尝试通过微信或其他方式与员工再次沟通，了解其不愿回来办理手续的具体原因，并尝试协商解决方案。

2. 发送催告函：如果沟通无果，您可以通过EMS向员工发送书面催告函，明确要求其在规定时间内回来办理离职手续，否则将承担相应法律责任。

3. 申请劳动仲裁：如果员工仍不配合，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求员工履行离职手续并承担可能因未办理离职手续而给公司造成的损失。

四、法律依据

在处理此类问题时，您可以参考以下法律依据：

• 《中华人民共和国劳动合同法》：该法规定了劳动合同的解除、终止以及离职手续的办理等相关事宜。
• 《中华人民共和国民法典》：该法对网络虚拟财产的保护有相关规定，如果员工离职后未交还工作微信账号等虚拟财产，公司可以依法维护自身权益。

综上所述，虽然微信确认离职可以作为一种沟通方式，但正式的离职手续仍需遵循法律流程。如果员工不配合办理离职手续，您可以通过沟通、催告、劳动仲裁等方式来维护公司权益。希望这些建议能对您有所帮助。