结论：乙方办理个体户后，甲方发工资是否合法不能一概而论，需分情况讨论。以下是具体分析：

1. 若乙方办理个体户后，与甲方仍构成劳动关系
   根据《劳动合同法》及相关规定，劳动关系的核心特征是“从属性”，即劳动者接受用人单位的管理、指挥和监督，从事用人单位安排的工作并获取报酬。若乙方虽办理个体户，但实际仍接受甲方的管理（如考勤、工作安排等），且主要收入来源于甲方支付的工资，则双方仍可能构成劳动关系。此时甲方发工资的行为合法，但需注意：

   • 甲方需与乙方签订书面劳动合同，明确双方权利义务；
     
   • 甲方需为乙方缴纳社会保险（如养老保险、医疗保险等）；
     
   • 乙方作为个体户，若同时与其他单位或个人存在劳动关系，可能涉及法律风险（如竞业限制、双重劳动关系等）。

2. 若乙方办理个体户后，与甲方构成承揽、委托等民事关系
   若乙方以个体户名义与甲方签订承揽合同、委托合同等民事合同，约定乙方独立完成某项工作并交付成果，甲方按约定支付报酬（非工资），则双方不构成劳动关系，而是民事法律关系。此时甲方支付报酬的行为合法，但需注意：

   • 合同需明确约定双方权利义务（如工作成果标准、报酬支付方式、违约责任等）；
     
   • 乙方作为个体户，需自行承担经营风险（如亏损、债务等）；
     
   • 甲方不得对乙方实施劳动管理（如考勤、工作安排等），否则可能被认定为“事实劳动关系”，从而引发劳动争议。

3. 若乙方办理个体户后，甲方以“发工资”名义规避法律义务
   实践中，部分用人单位为规避缴纳社会保险、支付经济补偿等法律义务，要求劳动者办理个体户，再以“发工资”名义支付报酬。这种行为可能被认定为“假外包、真派遣”或“事实劳动关系”，从而面临法律风险。例如：

   • 若甲方对乙方实施劳动管理（如考勤、工作安排等），但未签订劳动合同或缴纳社会保险，可能被劳动行政部门责令改正，并支付未签劳动合同的双倍工资差额；
     
   • 若乙方发生工伤，甲方可能需承担工伤保险责任（即使乙方已办理个体户）。

建议：

• 若您是甲方，建议根据实际需求选择与乙方建立劳动关系或民事关系，并签订书面合同明确双方权利义务，避免法律风险；
  
• 若您是乙方，建议根据自身需求选择是否办理个体户，并明确与甲方的法律关系（劳动关系或民事关系），以保障自身权益；
  
• 如有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您提供详细解答。