母子公司有合作关系的母公司不可以直接委派人员任子公司董事长。下面我将对此进行详细分析：

一. 母公司与子公司的法律地位

1. 母公司和子公司都是独立的法人实体，各自享有独立的法人财产权，并以其全部财产对公司的债务承担责任。
2. 母公司虽然对子公司有投资关系，但并不能直接干预子公司的内部管理和经营决策，除非通过合法的公司治理程序。

二. 子公司的董事长任命程序

1. 根据《公司法》的相关规定，子公司的董事长应由子公司的股东会选举产生，而不是由母公司直接委派。
2. 即使母公司是子公司的股东之一，也需要按照子公司的公司章程和股东会决议程序来参与董事长的选举。

三. 合作关系的性质

1. 母子公司之间的合作关系，通常指的是业务上的合作，如供应链合作、市场合作等，并不涉及公司治理层面的直接控制。
2. 合作关系并不赋予母公司直接委派子公司董事长的权利。

综上所述，母子公司有合作关系的母公司不能直接委派人员任子公司董事长。母公司应通过合法的公司治理程序，如参与子公司的股东会选举，来影响子公司的董事长人选。如有进一步需要，您可以继续咨询我。