针对您提出的“三年了才发现员工偷钱，偷了多少不知道，该怎么处理”的问题，以下是我的详细解答：

1. 法律追诉时效问题：

   • 根据我国《刑法》的相关规定，盗窃罪的追诉时效根据盗窃数额和情节的严重程度而定。一般来说，数额较大或者有其他严重情节的，追诉时效为五年；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，追诉时效为十年。由于您提到已经过去三年，但具体数额未知，若数额未达到特别巨大标准，则仍在追诉时效内。不过，具体还需结合当地司法实践和盗窃的具体情节来判断。

2. 证据收集与固定：

   • 在处理此类案件时，证据的收集与固定至关重要。由于时间已经过去三年，一些直接证据可能已经灭失或难以获取。因此，您需要尽可能收集间接证据，如财务记录、员工行为记录、证人证言等，以形成完整的证据链。
   • 建议您立即对公司的财务记录进行全面审查，查找可能的异常交易或资金流动。同时，与可能知晓情况的员工进行沟通，获取他们的证言。

3. 报警与刑事立案：

   • 在收集到一定证据后，您应立即向当地公安机关报案，并提供所收集的证据材料。公安机关将根据证据情况决定是否立案侦查。
   • 需要注意的是，由于时间已经过去三年，且具体数额未知，公安机关在立案时可能会更加谨慎。因此，您需要尽可能提供详细、准确的证据和信息，以增加立案的可能性。

4. 民事赔偿与追偿：

   • 除了刑事追诉外，您还可以考虑通过民事途径追偿损失。在刑事立案后，您可以同时提起附带民事诉讼，要求盗窃者赔偿公司的经济损失。
   • 若刑事立案存在困难，您也可以单独提起民事诉讼，以侵权为由要求盗窃者赔偿。不过，在民事诉讼中，您需要承担更重的举证责任，证明盗窃者的侵权行为和公司的损失情况。

5. 内部管理与预防措施：

   • 在处理此次事件的同时，您还需要对公司的内部管理进行全面审查，查找可能存在的漏洞和风险点。例如，加强财务监管、完善员工行为规范、建立举报机制等。
   • 通过加强内部管理和预防措施，您可以降低类似事件再次发生的可能性，保护公司的财产安全。

针对您的情况，我建议您采取以下步骤：

• 立即对公司的财务记录进行全面审查，查找可能的异常交易或资金流动。
• 与可能知晓情况的员工进行沟通，获取他们的证言。
• 收集并固定相关证据，形成完整的证据链。
• 向当地公安机关报案，并提供所收集的证据材料。
• 考虑通过民事途径追偿损失，如提起附带民事诉讼或单独提起民事诉讼。
• 加强公司的内部管理和预防措施，降低类似事件再次发生的可能性。

在处理此类案件时，请务必保持冷静和理性，遵循法律程序和规定。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。