发现员工偷店里的钱，这是一个需要谨慎且依法处理的问题。以下是我为您提供的详细处理步骤和建议：

一、固定证据

首先，您需要确保有充分的证据来证明员工的偷窃行为。这可以通过以下几种方式实现：

1. 查看监控录像：如果店内安装了监控设备，应立即查看相关时段的录像，以获取员工偷窃的直接证据。
2. 盘点账目：对店内的财务记录进行仔细盘点，确认是否有资金缺失，并尝试与员工的操作记录进行比对。
3. 收集其他证据：如员工异常行为记录、目击者证言等，这些都可以作为辅助证据。

二、与员工沟通

在掌握一定证据后，您可以找员工进行谈话。在谈话过程中，应明确指出其行为的不当性，并要求其说明情况。如果员工承认偷窃行为，可以要求其书写书面承认材料，作为后续处理的依据。

三、内部处理

根据偷窃金额的大小和情节的轻重，您可以考虑以下内部处理方式：

1. 金额较小：如果偷窃金额较小，未达到刑事立案标准，您可以根据公司规章制度对员工进行警告、罚款或解除劳动合同等处理。
2. 金额较大但未构成犯罪：即使金额较大但尚未构成犯罪，您也可以考虑依据公司规章制度给予更严厉的处分，如辞退，并要求员工返还偷窃的款项。

四、考虑报警

如果偷窃金额较大，达到了当地盗窃罪的立案标准，您应立即向公安机关报案。公安机关将依法进行调查，并根据调查结果追究员工的刑事责任。在此过程中，您应积极配合公安机关的工作，提供必要的证据和协助。

五、追赃挽损

无论采取内部处理还是报警的方式，您都应积极采取措施追讨被盗款项，以减少店铺的损失。这可以通过与员工协商、要求其返还偷窃款项，或者在刑事诉讼过程中通过附带民事诉讼要求返还财物及赔偿经济损失等方式实现。

六、完善制度和加强教育

为了避免类似情况再次发生，您还应考虑完善店铺的财务管理制度和监督机制，加强员工法治教育及职业道德培训。这可以提高员工的法律意识和职业道德水平，减少偷窃等违法行为的发生。

七、法律途径维护权益

如果员工的行为给店铺造成了其他经济损失，如因钱款被盗导致的经营影响等，您还可以通过法律途径维护自己的权益。这可以包括要求员工赔偿经济损失、提起民事诉讼等。

总之，发现员工偷店里的钱是一个需要谨慎处理的问题。您应确保有充分的证据来证明员工的偷窃行为，并根据金额大小和情节轻重采取适当的处理方式。同时，您还应积极追赃挽损，完善制度和加强教育，以避免类似情况再次发生。