员工上班途中发生交通事故，在认定工伤后，一般不应再按公司制度进行负面考核。以下从不同角度进行详细分析：

一、工伤认定与考核制度的冲突

1. 工伤认定的法律意义：

   • 根据《工伤保险条例》第十四条第（六）项，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故伤害的，应当认定为工伤。这一认定意味着员工因工作原因（包括上下班途中）受到的伤害，应由工伤保险体系来承担相应的责任和费用。

2. 考核制度的目的与适用范围：

   • 公司的考核制度通常用于评估员工的工作表现、遵守公司规章制度的情况等。然而，当员工因工伤而无法正常工作时，将其纳入考核范围显然与考核制度的初衷相悖。工伤是员工因工作原因遭受的意外伤害，不应成为评价其工作表现的负面因素。

二、从法律角度的分析

1. 工伤保险待遇的独立性：

   • 一旦员工被认定为工伤，其将依法享受工伤保险待遇，包括医疗费用、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等。这些待遇的享受与员工的考核结果无关，是法律赋予工伤员工的权利。

2. 禁止歧视与不公平对待：

   • 根据相关法律法规，用人单位不得因员工发生工伤而对其采取歧视性或不公平的对待措施。将工伤员工纳入负面考核范围，可能构成对工伤员工的歧视，违反法律法规的规定。

三、从实际操作角度的建议

1. 调整考核制度：

   • 公司应审查并调整其考核制度，确保制度内容符合法律法规的要求，不将工伤等不可抗力因素纳入考核范围。这有助于维护员工的合法权益，同时提升公司的合规性和社会形象。

2. 加强沟通与解释：

   • 在处理工伤员工的相关事宜时，公司应加强与员工的沟通与解释工作。向员工明确说明工伤认定的法律意义、工伤保险待遇的享受方式以及考核制度的调整情况等，以消除员工的疑虑和不满。

3. 寻求法律支持：

   • 如果公司在处理工伤员工事宜时遇到法律难题或争议，应及时寻求法律支持。可以咨询专业律师或法律机构，以确保公司的处理方式符合法律法规的要求，维护公司的合法权益。

总结来看，员工上班途中发生交通事故并认定工伤后，公司不应再按制度对其进行负面考核。这既是法律的要求，也是维护员工权益和公司合规性的需要。如果公司在这方面存在疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。