在建筑工程合同中，若约定的仲裁条款与专属管辖存在矛盾，司法实践中通常认为仲裁条款无效，应按照专属管辖来确定管辖法院。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律背景与原则
专属管辖的强制性：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，建设工程合同纠纷属于专属管辖范畴，通常由工程所在地人民法院管辖。这种规定是基于建设工程合同的特殊性，如工程地点固定、涉及地方公共利益等，因此法律赋予了工程所在地法院对这类案件的专属管辖权。
仲裁条款的效力：
- 仲裁条款是双方当事人约定将争议提交仲裁机构裁决的条款。然而，当仲裁条款与专属管辖规定相冲突时，仲裁条款的效力会受到质疑。因为专属管辖是法律强制规定的，不允许当事人通过约定来排除或变更。
二、司法实践中的案例与观点
案例一：仲裁条款因与专属管辖冲突而无效
- 在某建设工程合同纠纷中，双方当事人在合同中约定了仲裁条款，但同时该合同又属于法律规定的专属管辖范畴。法院在审理时认为，由于专属管辖的强制性，双方约定的仲裁条款无效，案件应由工程所在地人民法院管辖。
案例二：法院对仲裁条款效力的审查
- 另一案例中，一方当事人向仲裁机构申请仲裁，另一方当事人则提出管辖权异议，认为案件应由工程所在地人民法院管辖。仲裁机构在审查后认为，虽然合同中有仲裁条款，但由于该条款与专属管辖规定相冲突，因此仲裁机构无权受理该案件，案件应由法院管辖。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 在签订建设工程合同时，双方当事人应特别注意管辖条款的约定。如果希望将争议提交仲裁解决，应确保仲裁条款不与专属管辖规定相冲突。然而，在实际操作中，由于专属管辖的强制性，很难通过约定仲裁条款来完全排除法院的管辖权。
- 如果双方确实希望采用仲裁方式解决争议，可以考虑在合同中约定一个与工程所在地无直接关联的仲裁机构，并明确约定该仲裁条款不受专属管辖规定的影响（但这种约定在实践中可能面临被法院认定为无效的风险）。不过，更稳妥的做法是遵循专属管辖的规定，将案件提交工程所在地人民法院审理。
可能的法律后果：
- 如果双方约定的仲裁条款与专属管辖规定相冲突，且一方当事人向法院提起诉讼，法院将认定仲裁条款无效，并依法行使管辖权。
- 如果一方当事人不顾仲裁条款无效的事实，仍然向仲裁机构申请仲裁，仲裁机构在审查后可能会拒绝受理该案件，或者受理后在裁决时被法院撤销或不予执行。
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