结论前置：单位在停工留薪期结束后要求员工签署自己缴纳社保等相关费用的协议，这一行为是否合法，需分情况讨论，一般情况下不合法，但存在特殊合法情形。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下不合法
社保缴纳的法定义务：
- 根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，并按时足额缴纳社会保险费。这是用人单位的法定义务，不得通过协议等方式免除或转移。
停工留薪期的性质：
- 停工留薪期是劳动者因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期间。在此期间，用人单位应继续支付劳动者工资福利，并承担社保缴纳义务。停工留薪期结束后，若劳动者未恢复工作能力或未被安排合适工作，用人单位仍应履行其社保缴纳等法定义务。
协议的法律效力：
- 即使劳动者签署了自行缴纳社保的协议，该协议也可能因违反法律强制性规定而无效。因为社保缴纳是用人单位的法定义务，不能通过协议方式转嫁给劳动者。
二、特殊合法情形（但极为罕见且需严格条件）
双方协商一致且不违反法律强制性规定：
- 在极少数情况下，如果双方能够协商一致，并且该协议不违反法律的强制性规定（如不涉及社保缴纳等法定义务的免除），那么该协议可能具有一定的法律效力。但这种情况极为罕见，且需要严格的法律审查和条件满足。
劳动者主动提出并明确知晓后果：
- 如果劳动者主动提出自行缴纳社保，并且明确知晓这一行为的法律后果（如可能影响工伤待遇等），同时用人单位也尽到了充分的告知义务，那么在某些特定情境下，该协议可能被视为双方的真实意思表示。但即便如此，用人单位仍需谨慎处理，因为这可能涉及对劳动者权益的潜在侵害。
三、法律建议
对于劳动者：
- 如果遇到单位要求签署自行缴纳社保的协议，应坚决拒绝，并明确告知单位这是其法定义务，不能通过协议方式转嫁。
- 如果已经签署了此类协议，并且认为自己的权益受到了侵害，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 应严格遵守法律法规，履行社保缴纳等法定义务，不得通过协议等方式免除或转移。
- 如果确实存在特殊情况需要与劳动者协商处理社保问题，应咨询专业律师，确保协议内容合法合规，并充分保障劳动者的权益。
总结：单位在停工留薪期结束后要求员工签署自己缴纳社保等相关费用的协议，一般情况下是不合法的。如果遇到此类问题，建议劳动者坚决拒绝并维护自己的合法权益；用人单位也应严格遵守法律法规，履行其法定义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。