关于分公司在职三个月是否需要评标专家回避的问题，结论需分情况讨论：

1. 若分公司员工本身属于评标专家库成员，或被选定为具体项目的评标专家：

   • 需回避的情形：根据《招标投标法实施条例》第三十四条，与投标人有利害关系的人不得进入相关项目的评标委员会。若该员工在分公司任职期间，其所在分公司或总公司与投标人存在直接控股、管理关系，或员工本人与投标人有经济利益关系（如持股、亲属关联等），则应当回避。
   • 时间因素不影响回避义务：回避义务的产生基于“利害关系”的存在，而非在职时间长短。即使仅在职三个月，只要存在利害关系，仍需回避。

2. 若分公司员工仅作为普通职员参与项目，未被选定为评标专家：

   • 无需回避：普通职员不参与评标决策，其在职时间与回避义务无直接关联。但需注意，若该员工后续被临时指定为评标专家，则需重新评估是否存在利害关系。

3. 特殊情形：分公司与投标人的关联性：

   • 总公司与投标人的关系可能延伸至分公司：若总公司与投标人存在利害关系（如控股、合作），分公司员工可能因“同一法人主体”被视为存在关联，需结合具体项目规则判断是否回避。
   • 项目所在地规定：部分地区可能对评标专家回避有更严格的地方性法规，需核查项目所在地的具体要求。

法律建议：

• 自查利害关系：分公司应梳理员工与投标人的关联（如股权、亲属、业务往来等），若存在可能影响公正评标的情形，应主动申请回避。
• 完善内部制度：建议公司制定评标专家回避内部指引，明确利害关系的认定标准，避免因疏忽导致评标无效或法律风险。
• 咨询监管部门：若对是否回避存在疑问，可向项目招标人或当地招投标监管部门咨询，确保合规。

可能后果：

• 若应回避而未回避，评标结果可能被认定为无效，需重新评标，甚至可能面临行政处罚（如罚款、暂停招标资格）。
• 若故意隐瞒利害关系，可能涉及《招标投标法》第五十四条规定的“弄虚作假”行为，情节严重的，可能承担刑事责任。

如有进一步疑问或需具体案例分析，可直接向我咨询。