在职人员可以起诉本单位，但需根据具体情况判断起诉的合法性及可行性。以下从不同角度进行分析：

1. 起诉的合法性基础
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，民事主体（包括自然人、法人、非法人组织）在合法权益受到侵害时，均有权向人民法院提起诉讼。在职人员作为劳动者，与用人单位（单位）之间存在劳动关系，但双方的法律地位平等。若单位的行为侵犯了在职人员的合法权益（如拖欠工资、违法解除劳动合同、侵犯人身权等），在职人员完全有权以原告身份起诉单位，要求其承担法律责任。

2. 起诉的常见情形

   • 劳动争议：如单位未依法支付劳动报酬、未缴纳社会保险、违法解除或终止劳动合同等，在职人员可依据《劳动争议调解仲裁法》先申请劳动仲裁，对仲裁结果不服的，再向法院提起诉讼。
     
   • 人身权侵权：如单位管理人员对员工实施侮辱、诽谤、殴打等行为，侵犯员工名誉权、健康权等，员工可直接以侵权为由起诉单位（或相关责任人）。
     
   • 财产权纠纷：如单位无故扣押员工财物、未依法返还押金等，员工可主张返还原物或赔偿损失。
     
   • 其他合同纠纷：若在职人员与单位之间存在其他民事合同关系（如培训协议、保密协议等），因单位违约导致损失的，员工也可起诉。

3. 起诉的注意事项

   • 程序要求：劳动争议需遵循“仲裁前置”原则，即必须先申请劳动仲裁，对仲裁结果不服的才能起诉；其他民事纠纷可直接向法院起诉。
     
   • 证据收集：起诉需提供充分证据证明单位存在违法行为及自身损失（如劳动合同、工资条、解除通知、医疗证明等）。
     
   • 诉讼时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，其他民事纠纷的诉讼时效一般为3年，需在时效期内主张权利。
     
   • 单位反制风险：起诉单位可能影响劳动关系存续，需评估是否继续在职或提前做好职业规划。

4. 特殊情形：公务员或参照公务员管理的人员
   若在职人员属于公务员或参照公务员管理的事业单位工作人员，其与单位之间的人事争议（如辞退、考核等）需依据《公务员法》及相关规定处理，通常需先申请人事争议仲裁，对仲裁结果不服的再向法院起诉，但适用程序与普通劳动争议略有差异。

总结：在职人员可以起诉本单位，但需根据纠纷类型选择正确的程序（如劳动仲裁前置或直接起诉），并注意证据收集和时效问题。若涉及复杂法律问题，建议进一步向我咨询具体操作方案。