结论：兼职被老板知道后扣工资是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但若兼职行为违反公司规章制度或劳动合同约定，且规章制度合法有效，则可能合法。以下从不同角度详细分析：
一、一般情况下，扣工资不合法
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。兼职本身并不构成用人单位扣减工资的合法理由，除非兼职行为违反了公司规章制度或劳动合同中的明确约定，且这些规章制度或约定本身合法有效。
二、特殊情况下，扣工资可能合法
违反公司规章制度：
- 如果公司规章制度中明确规定，员工兼职需事先获得公司同意，且未经同意兼职将受到处罚，包括扣减工资，那么这种扣减工资的行为在规章制度合法有效的情况下，可能是合法的。
- 关键点：规章制度需经过民主程序制定，且内容不违反法律法规的强制性规定，同时需向劳动者公示或告知。
违反劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定，员工不得兼职或兼职需事先获得公司同意，否则将受到处罚，包括扣减工资，那么这种扣减工资的行为在劳动合同合法有效的情况下，也可能是合法的。
- 关键点：劳动合同中的约定需合法合规，且双方自愿签订，不存在欺诈、胁迫等情形。
三、法律建议
审查公司规章制度和劳动合同：
- 如果你因兼职被扣工资，首先应审查公司的规章制度和劳动合同，看是否有关于兼职的明确规定或约定。
与公司协商：
- 如果认为公司扣减工资的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司说明扣减工资的具体理由和依据。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
四、可能法律后果
如果公司扣减工资的行为不合法：
- 你可能有权要求公司补发被扣减的工资，并可能获得相应的经济补偿或赔偿。
如果公司扣减工资的行为合法：
- 你则需要接受公司的处罚，但也可以考虑是否继续在公司工作或寻找其他兼职机会。
总结：兼职被老板知道后扣工资是否合法，需根据具体情况判断。如果你对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。