小区人脸识别系统限制只能入户主直系亲属，这一做法的合法性不能一概而论，需结合具体情况分析。以下从不同角度进行详细阐述：

一、从物业管理角度分析

1. 物业管理的自主权：

   • 物业公司在管理小区时，享有一定的自主权，包括制定小区的安全管理规定。然而，这种自主权并非无限，必须受到法律法规的约束，且不得侵犯业主的合法权益。

2. 人脸识别系统的设置目的：

   • 如果小区设置人脸识别系统的主要目的是为了提升小区的安全性，防止非小区人员随意进出，那么限制只能入户主直系亲属可能是一种管理手段。但这种手段必须合理，且不得违反法律法规。

二、从法律法规角度分析

1. 个人信息保护：

   • 根据《中华人民共和国个人信息保护法》等相关法律法规，个人信息的收集、使用、处理等必须遵循合法、正当、必要的原则，且需征得个人同意。如果小区人脸识别系统收集了非户主直系亲属的个人信息，且未经其同意，那么这种做法可能涉嫌违法。

2. 平等对待原则：

   • 业主作为小区的共同管理者和居住者，应享有平等的权利。如果小区人脸识别系统限制只能入户主直系亲属，而排除了其他合法居住者（如租户、非直系亲属的共同居住者等），那么这种做法可能违反了平等对待的原则。

三、从实际操作角度分析

1. 技术实现的可行性：

   • 从技术角度来看，人脸识别系统可以设置不同的权限级别，以区分不同身份的人员。然而，这种技术实现必须基于合法、合规的前提，且不得侵犯个人隐私和合法权益。

2. 业主的协商与同意：

   • 如果小区决定设置人脸识别系统，并限制只能入户主直系亲属，那么应事先与业主进行充分协商，并征得业主的同意。如果业主对此表示反对或提出异议，物业公司应认真考虑并调整管理方案。

四、建议与措施

1. 物业公司应审慎决策：

   • 在设置人脸识别系统时，物业公司应充分考虑法律法规的要求、业主的合法权益以及小区的实际情况，审慎决策，避免引发不必要的法律纠纷。

2. 加强沟通与协商：

   • 物业公司应与业主保持密切沟通，及时解答业主的疑问和关切，共同协商制定合理的管理方案。

3. 寻求法律支持：

   • 如果物业公司对人脸识别系统的设置和管理存在疑问或困惑，可以寻求专业律师的法律支持，以确保管理行为的合法性和合规性。

如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。