结论：涉嫌拒付工资被拘留后，即使结清工资且员工撤诉，是否还会有大问题，需分情况讨论。一般来说，若情节轻微且及时纠正，可能不会面临严重后果；但若情节严重或存在其他违法行为，则可能仍需承担法律责任。以下从不同角度进行详细分析：
一、情节轻微且及时纠正的情况
法律后果：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，拒不支付劳动报酬罪是指以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的行为。若情节轻微，且在提起公诉前支付劳动者的劳动报酬，并依法承担相应赔偿责任的，可以减轻或者免除处罚。
- 在您描述的情况下，如果涉嫌拒付工资的行为情节轻微，且在拘留后及时结清了工资，员工也撤诉了，这通常表明您已经纠正了违法行为，并得到了受害者的谅解。因此，从法律角度来看，您可能不会面临严重的刑事处罚。
实际操作建议：
- 尽管员工撤诉，但建议您仍与相关部门（如劳动监察部门）保持沟通，确保所有手续完备，避免后续纠纷。
- 保留好结清工资的凭证和员工撤诉的相关文件，以备不时之需。
二、情节严重或存在其他违法行为的情况
法律后果：
- 如果涉嫌拒付工资的行为情节严重，如数额巨大、持续时间较长、造成恶劣社会影响等，即使结清了工资且员工撤诉，您仍可能面临刑事处罚。因为刑事责任的追究不仅考虑受害者的意愿，还考虑违法行为的性质、情节和社会危害程度。
- 此外，如果您的行为还涉及其他违法行为，如伪造证据、妨碍公务等，那么您可能还需承担这些违法行为带来的法律责任。
实际操作建议：
- 在这种情况下，建议您尽快咨询专业律师，了解自己的法律风险和可能的法律后果。
- 配合相关部门的调查，如实陈述事实，提供相关证据，以争取从轻或减轻处罚。
三、其他注意事项
信用记录：
- 即使您没有面临刑事处罚，但涉嫌拒付工资的行为可能已经对您的信用记录造成了负面影响。这可能会影响您未来的贷款、信用卡申请等金融活动。因此，建议您关注自己的信用记录，并采取措施修复可能的信用损害。
未来预防：
- 为了避免类似情况再次发生，建议您加强企业管理，确保按时支付员工工资。可以建立完善的工资支付制度，并定期进行内部审计和风险评估。
总结与建议：涉嫌拒付工资被拘留后，即使结清工资且员工撤诉，是否还会有大问题取决于违法行为的情节和性质。如果情节轻微且及时纠正，可能不会面临严重后果；但如果情节严重或存在其他违法行为，则可能仍需承担法律责任。因此，我建议您根据自己的实际情况，咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。