在检察院办理民事公益诉讼案件中，存在以下情形时应当终结案件：
原告撤诉：
- 法律依据：根据《人民检察院公益诉讼办案规则》的相关规定，若检察院作为公益诉讼的原告，在案件审理过程中提出撤诉申请，且法院裁定准许撤诉的，案件应当终结。
- 分析：撤诉是原告对其诉讼权利的处分，一旦撤诉申请被法院准许，即意味着诉讼程序的终止，案件自然应当终结。
诉讼标的已消灭：
- 法律依据：同样依据《人民检察院公益诉讼办案规则》，若诉讼标的（即公益受损的事实或状态）在案件审理过程中已经消灭，如污染环境的行为已经停止且环境已经恢复，或者侵害消费者权益的行为已经停止且损害已经得到弥补等，案件应当终结。
- 分析：诉讼标的的消灭意味着公益诉讼的目的已经实现，无需再通过诉讼程序来维护公益，因此案件应当终结。
被告已经履行义务：
- 法律依据：在民事公益诉讼中，若被告已经按照法院判决或调解书的要求履行了其应当承担的义务，如停止侵害、恢复原状、赔偿损失等，案件应当终结。
- 分析：被告履行义务是公益诉讼的重要目标之一，一旦被告履行了义务，公益受损的状态即得到修复，诉讼程序的目的已经达到，因此案件应当终结。
其他应当终结诉讼的情形：
- 法律依据：除了上述三种情形外，根据《人民检察院公益诉讼办案规则》的规定，还存在其他应当终结诉讼的情形，如发现案件不属于本院管辖、原告主体不适格等。
- 分析：这些情形通常涉及到诉讼程序的基本要素，如管辖权、原告资格等，一旦这些要素出现问题，诉讼程序就无法继续进行，因此案件应当终结。
总结与建议：
在检察院办理民事公益诉讼案件时，应当密切关注案件的进展情况，及时发现并判断是否存在应当终结案件的情形。一旦发现符合终结案件的条件，应当及时向法院提出申请，以便及时终结诉讼程序，节约司法资源，提高诉讼效率。同时，也应当注意保护公益，确保在终结案件前，公益受损的状态已经得到修复或得到有效保障。如果您在民事公益诉讼案件中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。