可以另行起诉行政赔偿。当要求履行行政协议但被法院认定协议无效时，您确实有权另行提起行政赔偿诉讼。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律基础与原则
行政协议无效的法律后果：
- 根据相关法律规定，行政协议被认定无效后，因该协议取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。这为行政赔偿提供了法律基础。
行政赔偿的原则：
- 行政赔偿遵循“有损害即有赔偿”的原则。当行政协议无效导致您遭受损失时，您有权要求行政机关进行赔偿，以弥补您的损失。
二、行政赔偿诉讼的提起
赔偿请求的提出：
- 在行政协议被认定无效后，您可以向行政机关提出赔偿请求。如果行政机关拒绝赔偿或者您对赔偿数额不满意，您可以依法向人民法院提起行政赔偿诉讼。
诉讼的时效性：
- 提起行政赔偿诉讼应当注意诉讼时效。一般来说，您应当在知道或者应当知道行政机关的行为侵犯您的合法权益之日起一定期限内（如六个月或一年，具体根据相关法律规定）提起诉讼。逾期提起的，人民法院可能不予受理。
三、行政赔偿诉讼的注意事项
证据的收集与提供：
- 在提起行政赔偿诉讼时，您需要提供充分的证据来证明您的损失以及该损失与行政协议无效之间的因果关系。这包括但不限于行政协议文本、相关交易记录、损失计算依据等。
赔偿范围的确定：
- 行政赔偿的范围通常包括直接损失和间接损失。直接损失是指因行政协议无效而直接导致的财产减少或灭失；间接损失则是指因直接损失而引发的其他经济损失。在提起诉讼时，您需要明确赔偿范围，并提供相应的证据来支持您的主张。
法律程序的遵循：
- 提起行政赔偿诉讼应当遵循法定的法律程序。这包括向有管辖权的人民法院提起诉讼、提交起诉状及相关证据材料、参加庭审等。在诉讼过程中，您应当积极配合法院的工作，遵守法庭纪律和诉讼规则。
四、实际案例与启示
- 在实际案例中，不乏因行政协议无效而引发行政赔偿诉讼的情况。这些案例表明，当行政协议被认定无效时，受损方有权依法要求行政机关进行赔偿。同时，这些案例也提醒我们，在签订和履行行政协议时，应当谨慎对待协议条款，确保协议的合法性和有效性。
建议：如果您因要求履行行政协议但被法院认定协议无效而遭受损失，建议您及时咨询专业律师（即我本人，冉林花律师），了解具体的赔偿程序和要求。同时，积极收集相关证据材料，为提起行政赔偿诉讼做好充分准备。如果您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。