当抵押合同被认定为无效时，可以申请解除（撤销）抵押登记。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。具体到抵押合同无效的情况，抵押权消灭，抵押权人有义务协助抵押人办理注销抵押登记手续，以恢复抵押物的权利状态。

二、抵押合同无效的情形

抵押合同可能因多种原因被认定为无效，这些情形包括但不限于：

1. 抵押标的物不合法：如土地所有权等法律禁止设定抵押担保的财产。
2. 违反国家强制性规定：抵押合同内容若与国家法律、行政法规的强制性规定相抵触，则合同无效。
3. 缔约方主体不适格：如签订合同的一方为无民事行为能力人或限制民事行为能力人，且未经其法定代理人同意或追认。
4. 恶意串通：当事人在签订抵押合同时，若存在恶意串通、损害他人合法权益的行为，合同无效。
5. 抵押物权属争议：抵押物所有权、使用权不明或有争议，导致合同无效。
6. 抵押物不特定：抵押物未明确指向特定的财产，合同无法履行。
7. 未办理登记手续：对于需要办理抵押登记的财产，如未依法办理登记手续，抵押合同不生效（但需注意，部分动产抵押合同自合同成立时生效，未经登记不得对抗善意第三人）。
8. 主合同无效：抵押合同作为主债权债务合同的从合同，若主合同无效，抵押合同亦随之无效。
9. 以不能抵押的财产设立抵押：如宅基地等集体所有土地的使用权（法律规定可以抵押的除外）、学校等公益设施等不得用于抵押。
10. 抵押物价值不确定：抵押物价值在签订合同时处于不确定状态，影响合同效力。

三、解除（撤销）抵押登记的程序

解除（撤销）抵押登记需遵循以下程序：

1. 准备证据材料：当事人需收集并整理能够证明抵押合同无效的相关证据材料，如法院的生效判决、仲裁机构的裁决书等法律文书，或其他能够证明合同无效的证据。
2. 提交申请：向原抵押登记机构提交解除（撤销）抵押权登记的书面申请，并附上相关证据材料。申请书应写明申请解除（撤销）的原因、事实和理由等内容。
3. 审核处理：登记机关在收到申请材料后，会对申请材料进行审核。如果经审核确认抵押合同确实无效，登记机关应当依法解除（撤销）抵押权登记，并出具解除（撤销）决定。

四、实践中的特殊情况及处理

在实践中，解除（撤销）抵押权登记可能会遇到一些特殊情况，需特别处理：

1. 善意第三人保护：如果在抵押权登记后，出现了善意第三人基于对该抵押权登记的信赖而与抵押权人进行了交易，此时解除（撤销）抵押权登记可能会对善意第三人的合法权益造成损害。在这种情况下，需要根据具体情况，在保护善意第三人权益和纠正无效抵押登记之间进行平衡。例如，通过其他方式对善意第三人进行合理补偿，或者在不影响善意第三人已取得权益的前提下，部分解除（撤销）抵押权登记等。
2. 抵押财产已被处置：如果在发现抵押合同无效前，抵押财产已经因抵押权的实现而被处置（如被拍卖、变卖等），那么解除（撤销）抵押权登记后，需要根据具体情况对相关财产权益进行恢复和调整。这可能涉及到向原抵押人返还财产、赔偿损失等问题，同时还需要考虑到已通过合法途径取得抵押财产的受让人的权益保护。

综上所述，当抵押合同被认定为无效时，可以申请解除（撤销）抵押登记，但需遵循一定的法律程序和规定，并注意处理实践中可能出现的特殊情况。在处理此类问题时，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。