结论：当法院判决主债权合同无效时，抵押合同通常也无效，抵押人可以单方申请注销抵押权，但需满足一定条件并遵循相应流程。
一、法律依据与抵押合同无效的情形
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，担保合同（包括抵押合同）是主债权债务合同的从合同。主债权债务合同的法律效力直接决定了担保合同的法律效力。若主合同无效，除非法律另有规定，否则担保合同（含抵押合同）亦无效。抵押合同无效的常见情形包括但不限于：
- 因违反法律、行政法规的强制性规定而无效：例如，以禁止流通或限制流通的财产设定抵押，或者抵押行为违反了社会公共利益等。
- 因欺诈、胁迫等手段订立而无效：如果一方以欺诈、胁迫等手段使对方在违背真实意思的情况下订立抵押合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该合同。
- 恶意串通损害他人合法权益而无效：抵押人与抵押权人恶意串通，损害国家、集体或者第三人的利益，该抵押合同将被认定为无效。
- 主体不合格导致合同无效：如未成年人、无民事行为能力人等不具备签订抵押合同的资格和能力。
- 未经共有人同意导致合同无效：对于共有财产，未经其他共有人书面同意擅自设定抵押的，抵押合同可能被视为无效。
二、抵押人单方申请注销抵押权的条件与流程
条件：
- 抵押合同已被确认无效，这是申请注销抵押权的前提条件。
- 抵押人需提供证明抵押合同无效的法律文件，如法院的判决书、仲裁机构的裁决书等。
流程：
- 准备材料：抵押人应收集并整理好所有必要的证明材料，包括抵押合同无效的法律文件、身份证明等。
- 提交申请：将准备好的材料提交给不动产登记机构，并填写相关的申请表格。在此过程中，抵押人需明确表达单方申请注销抵押权的意愿。
- 审核处理：不动产登记机构会对提交的材料进行审核。如果材料齐全且符合法定形式，不动产登记机构会受理申请并进行后续处理。
- 撤销登记：经审核确认抵押合同无效后，不动产登记机构会办理抵押权的注销登记，即撤销抵押登记。
三、注意事项与法律后果
- 及时申请：一旦发现抵押合同无效，抵押人应及时向不动产登记机构申请注销抵押登记，以避免不必要的法律纠纷和损失。若因拖延申请而导致抵押物被错误处置或产生其他不利后果，抵押人可能需承担相应责任。
- 保留证据：在整个过程中，抵押人应妥善保管所有相关证据和材料，以备不时之需。这些证据和材料在后续可能发生的法律纠纷中可能起到关键作用。
- 法律后果：若抵押权人不愿配合办理撤销手续，且抵押人无法通过协商解决问题，抵押人有权向人民法院提起诉讼，请求法院确认抵押合同无效并判决撤销抵押权。在获得生效的法律文书后，抵押人可持该文书单方面到登记部门办理抵押权撤销登记。若抵押权人因抵押合同无效而遭受损失，且该损失与抵押人的过错有关，抵押权人还有权要求抵押人承担相应的赔偿责任。
四、实际案例与启示
假设甲与乙签订了一份借款合同，并约定以甲的房产作为抵押。后因借款合同存在违法情形被法院认定为无效，那么作为从合同的抵押合同也随之失效。在此情况下，甲作为抵押人，有权单方申请注销抵押权。甲需准备法院的判决书、身份证明等材料，并向不动产登记机构提交申请。经审核确认后，不动产登记机构会办理抵押权的注销登记。这一案例启示我们，在签订抵押合同时，应确保主合同的合法性，以避免因主合同无效而导致抵押合同无效及后续的法律纠纷。
综上所述，当法院判决主债权合同无效时，抵押合同通常也无效，抵押人可以单方申请注销抵押权。但需满足一定条件并遵循相应流程。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。