结论前置：公司因效益不好而发放最低工资是否合法，需根据具体情况判断。若公司未经与员工协商一致或无法律依据，单方面将工资降至最低工资标准，通常是不合法的；但在特定情形下，如双方协商一致、有明确制度规定且经过民主程序制定，或公司经营确实面临严重困难且有充分证据支持时，发放最低工资可能被认定为合法。
一、一般情况下不合法的原因分析
劳动合同约定：
- 工资是劳动合同的重要条款，一旦双方签订并明确约定了工资数额或计算方式，公司单方面降低工资至最低工资标准，即构成对劳动合同的变更。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位变更劳动合同应与劳动者协商一致，并采用书面形式。未经劳动者同意，擅自将工资降至最低工资标准违反法律规定。
劳动者权益保护：
- 工资是劳动者维持生活的重要经济来源，随意降至最低工资标准直接影响劳动者的切身利益。
- 公司效益不好并非将工资降至最低工资标准的法定理由，公司应通过合法合理的方式应对经营困难，如调整业务、优化管理等，而非侵害劳动者的合法权益。
二、合法发放最低工资的特定情形
协商一致：
- 如果公司与员工就工资调整事宜进行充分沟通和协商，并取得员工的书面同意，将工资调整至最低工资标准，这种行为是合法的。
- 双方应签订书面协议，明确调整后的工资数额、调整期限等，作为对原劳动合同的变更。
有明确制度规定且民主程序制定：
- 公司有完善、合理的薪酬管理制度，该制度需经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示。
- 制度中明确规定在公司效益不好等特定情况下，可以调整工资至最低工资标准，且该调整符合法律法规的规定。
公司经营确实面临严重困难且有充分证据支持：
- 在某些特殊情况下，如公司因市场变化、政策调整等原因导致经营确实面临严重困难，且公司能够提供充分证据证明其无法按照原工资标准支付工资时，经过与员工协商或按照相关法律法规的规定，可能可以暂时将工资调整至最低工资标准。
- 但这种情况下，公司仍需确保调整后的工资不低于当地最低工资标准，且应尽快恢复正常工资支付，以保障劳动者的基本生活需求。
三、法律建议与风险提示
法律建议：
- 对于公司而言，在面临经营困难时，应优先考虑通过调整业务、优化管理等方式来应对，而非直接降低员工工资。
- 若确实需要调整工资，应与员工进行充分沟通和协商，并取得员工的书面同意。同时，应确保调整后的工资不低于当地最低工资标准。
- 公司应完善薪酬管理制度，明确工资调整的条件和程序，并通过民主程序制定和公示相关制度。
风险提示：
- 若公司未经与员工协商一致或无法律依据，单方面将工资降至最低工资标准，可能面临劳动争议和诉讼风险。
- 劳动者有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资差额并支付赔偿金。
- 公司应谨慎处理工资调整事宜，避免侵害劳动者的合法权益，以维护良好的劳动关系和公司形象。
总结：公司因效益不好而发放最低工资是否合法，需根据具体情况判断。在处理此类问题时，公司应遵守相关法律法规的规定，与员工进行充分沟通和协商，并确保调整后的工资不低于当地最低工资标准。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。