退出公司的股东与合伙人签订的协议，在符合法律规定和双方真实意愿的情况下，是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

一、协议有效的法律基础

1. 意思自治原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。因此，股东与合伙人之间基于自愿、平等、公平的原则签订的退出协议，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。

2. 合同生效要件：

   • 协议生效需满足主体合格、意思表示真实、内容合法且不违反公序良俗等基本要件。股东与合伙人作为具有完全民事行为能力的主体，其签订的协议若满足这些要件，即具有法律效力。

二、协议有效的具体情形

1. 协议内容明确且合法：

   • 协议中应明确约定退出的方式、时间、条件、补偿或赔偿等关键条款。例如，股东可以约定将其持有的股份转让给其他股东或第三方，并明确转让价格、支付方式等。只要这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。

2. 履行了必要的法律程序：

   • 对于涉及公司股权变更的协议，可能需要履行公司内部的决策程序（如股东会决议）以及外部的登记变更手续（如工商变更登记）。若协议双方已按照法律规定和公司章程的要求履行了这些程序，则协议的有效性将得到进一步保障。

3. 不存在欺诈、胁迫等情形：

   • 协议的签订应基于双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形。若一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下签订协议，则受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销该协议。

三、协议可能无效或可撤销的情形

1. 违反法律、行政法规的强制性规定：

   • 若协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，如涉及非法集资、洗钱等违法行为，则协议无效。

2. 违背公序良俗：

   • 若协议内容违背了公序良俗，如涉及不道德的交易或行为，则协议也可能被认定为无效。

3. 存在欺诈、胁迫等情形：

   • 如前所述，若协议的签订存在欺诈、胁迫等情形，则受损害方有权请求变更或撤销协议。

四、法律建议

1. 签订前充分沟通：

   • 在签订退出协议前，股东与合伙人应充分沟通，明确各自的权利和义务，确保协议内容真实、合法、有效。

2. 咨询专业律师：

   • 由于涉及公司法和合同法的复杂规定，建议在签订协议前咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。当然，您也可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。

3. 履行法律程序：

   • 在签订协议后，应按照法律规定和公司章程的要求履行必要的法律程序，如股东会决议、工商变更登记等，以确保协议的顺利执行。

综上所述，退出公司的股东与合伙人签订的协议在符合法律规定和双方真实意愿的情况下是有效的。但为确保协议的合法性和有效性，建议在签订前充分沟通并咨询专业律师。