营业执照退出时，股东协议的效力需根据具体情况判断，以下为详细分析：
一、有效情形
当“营业执照退出股东协议”实质上是股东之间的股权转让协议，且满足以下条件时，该协议通常有效：
主体适格：转让方和受让方必须具备相应的民事行为能力，能够独立表达意愿并承担法律后果。例如，成年且精神健康的自然人，或依法设立并有效存续的公司等法人实体。
意思表示真实：协议签订应基于双方的真实意愿，无欺诈、胁迫或重大误解等不当情形。这要求双方在签订协议时，对协议内容有充分的理解，并自愿接受协议条款的约束。
内容合法：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，且不得损害公司、其他股东或债权人的利益。例如，协议中不得约定非法转移公司资产、逃避债务等违法内容。
程序合规：股权转让应遵循公司章程的规定。如章程无特别规定，则有限责任公司的股东之间可自由转让股权；向股东以外的人转让时，需经其他股东过半数同意，并确保其他股东在同等条件下享有优先购买权。
示例：假设A、B、C三家公司共同出资设立D公司，A公司欲将其持有的D公司股权转让给E公司。在签订股权转让协议时，A公司需确保E公司具备相应的民事行为能力，且双方对转让价格、支付方式等条款有充分的理解并自愿接受。同时，A公司还需按照公司章程的规定，通知其他股东并征求其同意。在满足这些条件的情况下，该股权转让协议通常被认定为有效。
二、无效情形
然而，在某些情况下，“营业执照退出股东协议”可能因违法而无效：
违反强制性规定：特别是《个体工商户条例》明确规定，个体工商户营业执照不得转让。因此，如果协议涉及个体工商户营业执照的转让，将因违反行政法规而无效。对于公司而言，虽然营业执照本身不可转让，但公司股东的股权可以依法进行转让。然而，如果股权转让协议中包含了非法转让营业执照的内容，该部分条款也将被视为无效。
恶意串通损害他人利益：如果股东在签订转让协议时存在恶意串通，旨在损害公司、其他股东或债权人的利益，该协议同样会被认定为无效。例如，股东之间通过低价转让股权的方式，逃避对公司债务的承担责任。
以合法形式掩盖非法目的：若股东通过股权转让协议的形式来掩盖其非法经营、洗钱等违法犯罪行为，该协议也将被视为无效。例如，股东利用股权转让协议将公司资产转移至境外，以逃避国内税收监管。
三、特别说明与建议
营业执照的性质：营业执照是工商行政管理机关颁发的准许从事生产经营活动的凭证，任何单位和个人都不得伪造、涂改、出租、出借或转让。因此，在签订涉及营业执照的协议时，务必确保协议内容不违反这一基本原则。
股权转让的合法性：对于公司股东而言，股权是可以依法进行转让的。然而，在进行股权转让时，务必遵循相关法律法规和公司章程的规定，确保所有文件的合法性和有效性。
专业咨询的重要性：由于营业执照退出和股东协议涉及的法律问题较为复杂，建议在签订此类协议前咨询专业的法律顾问或律师。他们可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助您规避法律风险并确保协议的合法性和有效性。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。