股东退出不拿回投资款的协议是否有效，需结合具体情况判断，但满足法定条件且不违反法律强制性规定的协议通常有效。以下从不同角度详细分析：
一、协议有效的核心条件
符合《公司法》规定
根据《中华人民共和国公司法》第七十四条，在特定情形下（如公司连续五年不向股东分配利润且连续盈利、合并分立或转让主要财产等），对股东会决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权。若协议内容符合此类法定回购情形，且程序合法，则协议有效。
例如：公司连续五年盈利但未分红，股东提出退出并签订协议由公司回购其股权，此类协议通常有效。
公司章程无禁止性规定
若公司章程未明确禁止股权回购，或通过股东会决议形成合法授权，则协议有效。
例如：公司章程允许股东在特定条件下退出并由公司回购股权，此类约定不违反法律强制性规定，协议有效。
不存在法定无效情形
协议不得存在恶意串通损害他人权益、违反法律法规强制性规定等无效事由。例如，不得以回购名义抽逃出资，或规避债务清偿责任。
例如：股东与公司串通，通过虚假回购协议转移资产以逃避债务，此类协议可能被认定无效。
履行必要程序
需完成减资程序（如需）并依法进行工商变更登记，确保回购行为对外产生公示效力。涉及国有股权转让的还须经国资监管机构审批。
例如：有限责任公司回购股权后，需依法减少注册资本并办理工商变更登记，否则可能影响协议对外效力。
二、影响协议效力的特殊因素
资本维持原则的限制
公司回购股份后必须保障注册资本充实，不得因回购导致偿债能力下降。若回购资金来源于非法途径（如挪用公款），协议可能被认定无效。
例如：公司用未分配利润回购股权，但未留存足够资金偿还债务，债权人可主张协议无效。
债权人保护机制
当回购可能损害债权人利益时，债权人可主张撤销权。例如公司明知即将破产仍实施大规模回购，相关协议可被法院撤销。
例如：公司濒临破产时，股东与公司签订回购协议转移资产，债权人可请求法院撤销该协议。
信息披露要求
对外担保类回购协议需经股东会决议并公告，未经法定程序的担保条款无效。上市公司回购还需遵守证券监管机构的特别规定。
例如：上市公司回购股权未履行信息披露义务，可能面临监管处罚，协议效力也可能受影响。
三、实务建议
签订书面协议
明确约定退出条件、回购价格、支付方式、违约责任等条款，避免口头约定引发纠纷。
履行法定程序
确保协议内容符合《公司法》及公司章程规定，必要时咨询专业律师或会计师，避免程序瑕疵导致协议无效。
保护债权人利益
若回购可能影响公司偿债能力，应提前与债权人沟通或提供担保，降低协议被撤销的风险。
及时办理工商变更
回购完成后，依法办理股权变更登记，确保协议对外产生公示效力。
总结：股东退出不拿回投资款的协议是否有效，需结合协议内容、公司章程、法定程序及债权人利益保护等因素综合判断。若协议满足法定条件且不违反法律强制性规定，通常有效；反之则可能被认定无效或被撤销。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我将结合实际情况提供详细解答。