公司股东与公司签订的合作协议，在符合法律规定和公司章程的前提下，是有效的。以下是对此问题的详细分析：

一、协议有效的基本条件

1. 主体适格：

   • 签订合作协议的股东必须具备完全民事行为能力，能够独立实施民事法律行为并承担相应后果。若股东为未成年人、精神病人等无民事行为能力或限制民事行为能力人，其签订的协议可能因主体不适格而无效或效力待定。

2. 意思表示真实：

   • 协议内容必须反映股东的真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。若股东在签订协议时受到不正当手段的影响，导致意思表示不真实，该协议（或部分）可能被认定无效或可撤销。

3. 内容合法合规：

   • 协议内容必须符合法律法规的规定，不得违反国家强制性法律规范，也不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。例如，协议中不得约定从事违法犯罪活动或以损害社会公共利益为目的的条款。

4. 形式符合要求：

   • 法律、行政法规规定应采用书面形式的协议，必须采用书面形式，并办理相关登记手续后才具备完全的法律效力。对于合作协议，通常建议采用书面形式订立，以便明确双方的权利义务关系。

5. 不违反公司章程：

   • 股东与公司签订的合作协议，其内容应与公司章程相符。若协议内容与公司章程相冲突，且公司章程已经过法定程序制定和公示，在处理公司内部关系时，可能以公司章程为准。但这并不影响合作协议在符合法律规定范围内对签约股东和公司的约束力。

二、特殊情形下协议效力可能受影响

1. 股东权力与资格：

   • 签订协议的股东需具备相应的权力和资格。若股东无权处分其股权或违反公司规定签订协议，可能影响协议的有效性。例如，若股东未经其他股东同意擅自将股权转让给公司，该转让协议可能因违反公司章程或法律规定而无效。

2. 公平性与合理性：

   • 协议条款应公平、合理，不得存在显失公平的情况。若协议条款对某一方股东或公司极为不利，可能导致协议部分或全部无效。例如，协议中约定股东承担过重的义务而享受极少的权利，可能因显失公平而被认定无效。

3. 可履行性：

   • 协议应具备可履行性。若因某些原因（如法律禁止、政策变化等）导致协议无法履行，可能影响协议的有效性。例如，若协议约定从事国家禁止的行业或活动，该协议将因违反法律规定而无效。

三、法律建议

1. 签订前审查：

   • 在签订合作协议前，股东应仔细审查协议条款，确保意思表示真实且内容合法合规。同时，应关注公司章程的规定，确保协议内容与公司章程不相冲突。

2. 咨询专业律师：

   • 鉴于合作协议的复杂性和法律风险性，建议股东在签订前咨询专业律师的意见。律师可以对协议进行审查和指导，确保协议的法律效力和各方的合法权益。

3. 办理登记手续：

   • 若法律、行政法规规定合作协议需办理登记手续才具备法律效力，股东应及时办理相关登记手续，以确保协议的合法性和有效性。

综上所述，公司股东与公司签订的合作协议在符合法律规定和公司章程的前提下是有效的。但股东在签订协议时应谨慎审查协议条款、咨询专业律师并办理相关登记手续，以确保协议的法律效力和各方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。